לאחר שהלגיון הירדני, שצר על ירושלים, הפגיז כמה מתקנים חיוניים של ההגנה בעיר, עלה החשד כי בוגד מסר מידע חיוני לאויב. שירות הידיעות (הש"י) של ההגנה בירושלים בראשו עמד אז בנימין גיבלי חיפש את הבוגד, ובשלב מסוים עלו כלפי טוביאנסקי טענות שלפיהן הוא היה זה שהעביר ידיעות לבריטים, שהועברו ללגיון הירדני ושימשו כמודיעין להפגזות.
על בסיס חשדות בלבד, ללא כל הוכחה ואימות, נעצר טוביאנסקי, הובא למבנים נטושים של הכפר בית ג'יז, ולאחר משפט שדה קצר שבו "הודה" כביכול במסירת מידע לבריטים הוצא להורג על ידי כיתת יורים של הפלמ"ח. גופתו הושלכה אל תוך בור וכוסתה באבנים במקום הירי. רק בעקבות מכתב שכתבה האלמנה, לנה טוביאנסקי, לראש הממשלה דאז, דוד בן גוריון, הוא הורה, כחמישה חודשים לאחר האירוע, על חקירה, שבסיומה נקבע כי טוביאנסקי הוצא להורג על לא עוול בכפו. בן גוריון הכריז שהוא "לא בגד" והוא נקבר בחלקת תש"ח בבית העלמין הצבאי בהר הרצל.
כדי לנסות לכפר במשהו על העוול, ארגנו אתמול בקיבוץ הראל סגן אלוף במיל גדעון מיטשניק וחברו זמיר זאב מקיבוץ הראל אירוע שאותו כינו "תיקון מוסרי והיסטורי של אחת הפרשיות העגומות והנשכחות יותר ממלחמת העצמאות".
בנוכחות יעקב בנטוב, אשתו, בתו ונכדיו, ובמעמד של עשרות מוזמנים הוסר הלוט מעל שלט הנצחה שעליו נכתב תקציר העלילה ובו מצוין כי "במקום זה הוצא להורג בהחלטת בית דין שדה שהוקם שלא כדין קצין צה"ל מאיר טוביאנסקי ז"ל". על השלט נכתב עוד כי שמו טוהר על ידי בן גוריון וכי על המצבה הצבאית בהר הרצל צוין כי הוא "חלל צה"ל שנורה בשגגה".