השופטים אסתר חיות, עוזי פוגלמן, יצחק עמית, דפנה ברק-ארז, ענת ברון ועופר גרוסקופף תמכו בדחיית תחולת חוק הנבצרות ואילו השופטים אלכס שטיין, יעל וילנר, נעם סולברג, דוד מינץ ויוסף אלרון התנגדו.
היא טענה כי "בג"ץ הזהיר את הכנסת לאחר חקיקת חוק דרעי, והנה בא חוק הנבצרות שנחקק לשם מתן מענה פרסונלי לעניינו של ראש הממשלה המכהן, בסוגיה הרגישה של דיני הנבצרות. בנסיבות אלה, לא ניתן להסתפק עוד באזהרות או בהותרת ההכרעה בשאלות החוקתיות לעתיד לבוא, ועל בית המשפט למלא את תפקידו בהגנה על המפעל החוקתי וליתן סעד שיהלום את הפגם החוקתי שנפל בחקיקת התיקון".
לאחר מכן היא הסבירה מדוע נדחו העתירות להרחבת מספר השרים ונגד ממשלת החילופים: "המכנה המשותף לשני המקרים הללו הוא שהתיקונים אשר נדונו בהם נועדו לשרת גם תכליות פוליטיות ושבאופן מסתבר הם נועדו להיטיב עם גורמים פוליטיים מסוימים. עם זאת, בשני המקרים, קבלת התיקונים לא הבטיחה באופן חד-חד ערכי את תחולתם על אנשים מסוימים. בעניין מספר השרים תחולתו של התיקון לחוק היסוד על האנשים שיצאו נשכרים מקבלתו לא הייתה אוטומטית. כדי למנותם לתפקידי שרים נדרשה החלטה של ראש הממשלה, וההחלטה המחייבת על כך הייתה יכולה להתקבל רק לאחר שהתיקון לחוק היסוד נכנס לתוקפו. הוא הדין בעניין ממשלת החילופים. אכן, בתיקון שנדון שם נקבע כי הוא יחול גם על הכנסת ה-23, וזאת בעת שתוצאות הבחירות כבר היו ידועות. אולם, באותה עת הממשלה טרם הוקמה, ולכן קבלתו של חוק היסוד נעשתה בתנאים מסוימים של חוסר ודאות".
עוד טענה ברק-ארז, כי "החלת תיקון מס' 12 במתכונת של תחולה מיידית הינה אפוא עניין פרסונלי הנוגע לא רק לראש ממשלה מסוים, אלא עניין פרסונלי לא פחות מבחינת כל אחד ואחת מחברי הכנסת שתמכו בתיקון מס' 12. חוק הנבצרות פרסונלי לכל אחד מחברי הכנסת שתמכו בו שבעת חקיקת התיקון מושא דיוננו כל אחד ואחת מחברי הכנסת שהצביעו בעד תיקון מס' 12 ידעו כי תמיכה בו תפחית במידה משמעותית את הסיכון לנפילתה של הממשלה שבה הם תומכים וכבר קיבלה את אמון הכנסת. מסקנה זו נובעת מכך שלפי סעיף 20(ב) לחוק-יסוד: הממשלה, כאשר נבצר מראש הממשלה דרך קבע למלא את תפקידו למעלה ממאה ימים, רואים את הממשלה כאילו התפטרה. נבצרות של קבע היא המשכה הישיר של נבצרות זמנית".
סולברג טען כי "גם אם חוק-יסוד מזוהה על-ידי דוקטרינת ה'שימוש לרעה' ככזה ש'התחפש' לחוק-יסוד, אזי לכל היותר המשמעות היא כי לפנינו חוק רגיל. כדי לבטלוֹ, או לדחות את תחולתו, צריך להראות שהוא סותר חוק-יסוד ואינו עומד בתנאי פסקת הגבלה. אִילו נעשה התיקון בחוק הממשלה, התשס"א-2001 על מנת להבהיר סעיף כללי בחוק-יסוד: הממשלה, לא היינו דנים כלל בשאלה אם התיקון הוא חוקתי, אם לאו. דומני אפוא, שכאן, בפרוזדור, עלינו לעצור, ואין צורך להיכנס בטרקלין. הגענו לסוף הדרך".
לדבריו, "חיפוש אחר תכלית פרסונלית חמקמקה, המסתתרת בינות לדבריהם של מחוקקים שונים ומגוונים; דברים הניתנים בנקל להתפרש כ'מניע' בלבד, נטול משקל פרשני לכל הדעות; בהעדר אמות מידה של כמות ואיכות; וכל זאת, בהעדר קולב לשוני לתלות בו את התכלית הפרסונלית המובהקת – דומני כי מדובר ב'שדה מוקשים' שטוב נעשה אם נרחיק עצמנו ממנו. התמונה ברורה: בּדבּרנו עד כה על תיקון חוקתי בעל אופי פרסונלי, שאינו צולח את מבחן הכלליות, נסובו הדברים על חקיקה פרסונלית מובהקת, הנוגעת לפרטים – מוסדות – יחידים ומיוחדים; לעומת זאת, כאשר על הפרק ניצב תיקון, שבמפורש נועד במקורו לשרת את הקמתה של ממשלה ספציפית מתוך נבכי הסבך הפוליטי, ואולם מצודתו נפרשׂה גם על העתיד הבלתי-ידוע – נקבע על ידינו כי תיקון זה נושא אופי כללי, מחמת לשונו הכללית, הצופה פני עתיד. חברתי, השופטת ברק-ארז אף הוסיפה מעין 'חזקת תקינות' במישור הכלליות, ככל שהתיקון החוקתי אינו ניתקן בדרך של הוראת שעה".
סולברג אף מתח ביקורת חריפה על השופטים ואמר כי "ניטיב לעשות אם נתרום את חלקנו לשבירתו של 'המעגל השוטה' בדרך של אימוץ גישה מרוסנת, מאופקת, מעוררת אמון. בד בבד, הכנסת נקראת לעשות את המוטל עליה, לאלתר: לכונן את חוק-יסוד: החקיקה. אין מנוס. האזעקה נשמעת. בנפשנו הדבר".
"אבקש לרשום את התנגדותי העקרונית לפרשנות המונח 'נבצרות' כנבצרות נורמטיבית – נבצרות אשר נגזרת ממענה לשאלה 'האם ראוי שראש הממשלה יוסיף למלא את תפקידו לנוכח נסיבות כאלה או אחרות?'", הוסיף בפסק הדין והסביר: "לטעמי, מענה לשאלה 'האם ראוי שראש הממשלה יוסיף למלא את תפקידו לנוכח נסיבות כאלה או אחרות?' יכול להינתן על ידי העם ונציגיו הנבחרים בלבד. נבצרות עליה מדבר סעיף 20(ב) לחוק-יסוד: הממשלה היא עניין של עובדה אמפירית, ולא עניין של 'מה ראוי?'; והחוק נושא דיוננו נותן תמיכה נוספת ומכרעת לפרשנות זו. החוק מסיר את חוסר הוודאות אשר נוצרה בעקבות בג"ץ יצחק ומונע את הדחתו של ראש הממשלה על ידי גורם בלתי נבחר תחת אצטלה של 'נבצרות'. בין אם נסכים עם תוצאות אלה ובין אם לא נסכים עמן מההיבט הערכי-מוסרי – חוק כזה אינו יכול להיחשב לפרסונלי".
"אם כן, גם לפי תפיסתו של ראש הממשלה, התיקון הסיר מעליו את החשש מפני השלכות אפשריות של הסדר ניגוד העניינים בעניינו. אף אם מסקנה זו הייתה שגויה מההיבט המשפטי, שהרי התיקון אינו משחרר כלל את ראש הממשלה מהסדר ניגוד העניינים, כפי שמציינים חבריי השופט סולברג והשופט יוסף אלרון , יש בכך כדי להדגיש את עומק הפגם הפרסונלי שנפל בתכלית הסובייקטיבית של התיקון: התיקון הוחל בתחולה מיידית, כאשר הגורם שעמו הוא אמור להטיב ידוע; התיקון ביקש לשנות נורמה כללית על מנת להתאימה לנסיבותיו האישיות של בעל תפקיד ספציפי; הצורך הפרסונלי שעמד בבסיס התיקון נבע מרצונו של ראש הממשלה להבטיח כי הוא פועל באופן שלא יאפשר את הוצאתו לנבצרות על פי הדין הקודם", הוסיף.
עוד הוסיף מינץ, כי "לטעמי מאפייניו של התיקון מוליכים למסקנה כי לא מדובר בתיקון פרסונלי, ואף הניסיון להתחקות אחר קיומה של תכלית פרסונלית מוקשה ומתעלם מקיומה של תכלית עקרונית ברורה שהוא נועד לקדם. בנסיבות אלו אפוא, אם דעתי הייתה נשמעת, היינו דוחים את העתירות על ראשן, קרבן וכרעיהן. אציין כי שותף אני לקריאתו של חברי השופט סולברג לכנסת לפעול לכינון חוק יסוד: החקיקה. בכך יבואו לא מעט סוגיות השנויות במחלוקת לידי פתרון. ברם עד שתעשה כן, אל לנו להיכנס בנעליה".
התרעות פיקוד העורף