שלוש סוגיות עיקריות עלו בדיון: החלטת הממשלה שלא לגייס חרדים למרות שהחוק המכשיר את ההשתמטות פקע, התמיכות המועברות לישיבות חרדיות גם בעבור משתמטים וסוגיית הייצוג של הממשלה בבג"ץ. נקודה שראוי לציין היא שהחלטת הממשלה שלא לגייס חרדים פקעה, ולא חודשה על ידי הממשלה.
השופטים הגיבו: "שיתייצבו לומר 'הינני', ונראה מה יקרה". בסוף הטיעון שלו, עו"ד טאובמן שיתף כי הוא עבר התקפות בעקבות החלטתו לייצג את הממשלה בעתירות. "אמרו שאנחנו משתמטים. משפחתי, חבריי ועורכי דין במשרדי משתתפים בלחימה. לא ייתכן שיתקפו עורך דין שנותן שירות מקצועי ללקוח".
השופטת דפנה ברק ארז אמרה כי בג"ץ לא קובע בעניין גיוס החרדים עמדה ערכית: "לקיים את שלטון החוק זאת חובה, את החוק צריך לקיים". בהמשך, כשהורביץ טען כי הגיוס לצבא יפגע בחופש הדת של החרדים, השופטת יעל וילנר, שגדלה בציונות הדתית והיא נכדתו של ה'משגיח' בישיבת הדגל הציונית דתית 'מרכז הרב', התקוממה: "איך שי פגיעה בחופש הדת? יש בצבא חיילים דתיים".
הורביץ ענה: "הרב שלהם אומר שאסור להתגייס לצבא, זאת עמדה הלכתית, כמו שיש מי שמתנגד לעלות במעלית שבת. מה שבית המשפט עושה זה לומר לחרדים לא להקשיב לרב שלהם". וילנר התקוממה: "בית המשפט לא אומר לא להקשיב לרב, אלא שצריך להקשיב לחוק". הורביץ החזיר: "ומה אם בית המשפט היה אומר לחלל שבת?"
השופטים לא קיבלו את טענתו של הורביץ ושאלו אותו מה אם הרב היה אומר לא לשלם מיסים, והורביץ השיב כי זה לא אותו הדבר. בסוגיית הייצוג של הממשלה, השופטים הבהירו במהלך הדיון כי הם יכתבו בפסק הדין כי הממשלה אינה יכולה להחליט להרחיב אישור לייצוג נפרד שניתן לה, כפי שהממשלה עשתה בסוגיית הייצוג בעתירות אלה.
במהלך הדיון, התפרץ באולם בחור חרדי וקרא לעבר השופטים: "כלום לא יעזור לכם, נמות ולא נתגייס". עו"ד דפנה הולץ לכנר המייצגת אימהות ללוחמים בחזית, אמרה לשופטים כי הקריאות לעבר השופטים מהוות "ניסיון להטיל מורא על בית המשפט".
התרעות פיקוד העורף