לאורך מרבית שנות מאסרו, אלעביד נותר נחוש בדעתו, הכחיש את מעורבתו באירוע וטען כי אינו הרוצח, ולכן סירב השתתף בכל תכנית טיפול או שיקום. פרשת רצח קיקוס נדונה בבית המשפט בערכאות שונות במשך למעלה משני עשורים, והגיעה אף לטיפול בבית המשפט העליון, שם היא נדונה בפני הרכב מורחב של 12 שופטים, שהרשיעו אותו בעבירות אונס ורצח. בכלל הערכאות, ההחלטה להרשיעו התקבלה בדעת רוב, אולם לא פה אחד. עם זאת, אלעביד ניסה שוב ושוב לטעון לחפותו ולהקל בחומרת העונש.
עם הרשעתו, הוא נידון למאסר עולם, ובשנת 2005 ביקש חנינה מנשיא המדינה. השופטת בדימוס מרים בן פורת כתבה אז בחוות דעתה המייעצת כי אלעביד הורשע בדין. עם זאת, הנשיא קיצר את עונשו של האסיר מ-33 שנים ל-27 שנים בשנת 2009.
בדיקות המחוז לרפואה משפטית איששו באופן חד משמעי כי מדובר בה. באותם ימים, עבד אלעביד במטמנת האשפה "דודאים", שם שימש כנהג דחפור. בחוות דעת שהוגשה בעניינו, נקבע כי הוא סובל מפיגור ומנת משכלו נמוכה. בהקשר זה, יצוין כי עוד לפני מציאת הגופת, שמונה ימים לאחר ההיעלמות, אלעביד עוכב לחקירה ומסר עדות פתוחה בפרשה.
אדם אחר מסר כי ראה אותו במועד סמוך לרצח וזיהה התנהגות שעוררה את חשדו. לאחר מכן המשטרה עצרה אותו, ומדבב שנכנס לתאו הצליח להוציא ממנו הודאה לפיה אסף נערה ברכבו, אנס אותה והשליך אותה מהרכב לבורות ליד הכביש. אלעביד הוחזר לחקירה, הודה כי אנס וחנק את קיקוס והשליך אותה מרכבו, אולם מאוחר יותר שינה את גרסתו וניסה להכחיש כל קשר לפרשה.
התרעות פיקוד העורף