בג"ץ דחה את עתירתו של מרדכי ואנונו לביטול ההגבלות החלות עליו, הכוללות איסור יציאה מן הארץ. בדיון טרם ההחלטה ביקש ואנונו שיניחו לו והצהיר שהוא מוכן לעבור בדיקה במכונת אמת ולעמוד בכל בחינה ובדיקה שהיא כדי להוכיח שאין בכוונתו או ברצונו או ביכולתו לחשוף מידע בדבר עבודתו בקריה למחקר גרעיני (קמ"ג). 

מרדכי ואנונו, בבית המשפט (צילום: פלאש 90)
מרדכי ואנונו, בבית המשפט (צילום: פלאש 90)


בא כוחו עו"ד אביגדור פלדמן הביע את החשש שהיחס הנוקשה כלפי ואנונו ותחושת המרירות שלו עלולים להביא לתוצאה הפוכה, בניגוד לאינטרס של המדינה. בעתירתו טען ואנונו שצווי ההגבלה עומדים בניגוד לזכויותיו החוקתיות על פי חוק יסוד: כבוד האדם וחירותו, החל בחירותו האישית דרך פרטיותו, חופש הביטוי, חופש התנועה והחופש לצאת מישראל.  בהמשך לדיון במעמד הצדדים קיימו השופטים דיון במעמד צד אחד, בדלתיים סגורות, עם גורמי הביטחון, שבמהלכו הוצגו בפניהם חוות דעת וחומרים מסווגים. 

הם כתבו בהחלטתם: "מצאנו שאין עילה להתערב בהחלטות המשיבים להאריך את תוקפם של הצווים. לאחר ששמענו את טיעוני הצדדים ובחנו את החומרים המסווגים שהוצגו בפנינו, הגענו למסקנה שהארכת הצווים חיונית לשם שמירה על ביטחון המדינה, במובן הצר והרחב של המונח. אכן, חלפו 35 שנים מאז סיים ואנונו את עבודתו בקמ"ג, אך קיבלנו את עמדת גורמי הביטחון שלפיה הוא אוצר במוחו מידע רגיש".
כזכור, ואנונו עבד כטכנאי במשך כתשע שנים בקמ"ג, עד שפוטר ב־1985. לאחר סיום עבודתו שם נסע לחו"ל, וכשהגיע ללונדון מסר לעיתון "הסאנדי טיימס" מידע סודי בקשר לפעילות הקמ"ג. ואנונו הוחזר לישראל, הועמד לדין והורשע ב־1988 בעבירות חמורות נגד ביטחון המדינה. הוא ריצה עונש מאסר של 18 שנים. מאז שחרורו ב־2004, הוטלו עליו צווים המגבילים אותו בחיי היום־יום.