בין הטענות שעולות נגד החוק, בין היתר, ישנה טענה כי בחירת הנציב באופן שנשלט כמעט לחלוטין על ידי פוליטיקאים, פוגע בעיקרון אי התלות של השופטים אשר מעוגן בחוק יסוד השפיטה. משכך, נטען כי הרכב הוועדה החדש אינו חוקתי ועל כן דינו בטלות.
למרות שטרם התחיל ההליך לבחירת הנציב החדש לאחר פרישתו של הנציב הקודם, שופט העליון בדימוס אורי שהם, ישנה טענה כי מעצם הצורך בבחירת נציב הרי ששינוי הרכב הוועדה נחשב לשינוי כללי המשחק תוך כדי המשחק - ומשכך יש לכל הפחות לדחות את תחולת החוק להליך בחירת הנציב הבא, ולהורות כי כעת הנציב החדש ייבחר על ידי הוועדה לבחירת שופטים, בכפוף לווטו של נשיא בית המשפט העליון יצחק עמית.
היועצת המשפטית לממשלה התנגדה נחרצות לשינוי הרכב הוועדה לבחירת הנציב. לדבריה, ההרכב החדש עלול "לפגוע במוסד הנציב ובאמון הציבור בו - ולהוביל לפגיעה בעצמאותה של הרשות השופטת ולהחלשתה, אף שלא ברור איזו תכלית עקרונית או מעשית הדבר משרת". במידה והחוק יגיע לפתחו של בג"ץ, היועמ"שית צפויה שלא להגן עליו מול השופטים.
מנכ"ל תנועת ישראל חופשית אורי קידר: "היועמ"שית מבהירה את מה שכל מי שעיניו בראשו וטובת הציבור הישראלי מנחה אותו לפני האינטרסים הפוליטיים הצרים- בלי אכיפה ברורה ושוויונית והשלכות כלכליות על מי שבוחרים להשתמט, לא נגיע לגיוס חרדים משמעותי, והציבור המשרת במילואים יקרוס תחת האלונקה שאותה הוא נושא לבד בעודו זועק לחילוף. ישראל כ"ץ הוצנח לתפקיד כדי להיות שר ההשתמטות והגיע הזמן שהוא יזכר שהתפקיד שלו הוא לדאוג לביטחון המדינה ולא לביטחון השותפים הקואליציוניים".
התרעות פיקוד העורף