"זאת, בניגוד לדין ולעקרון הפרדת הרשויות ועל דרך של יצירת עיוות דיוני, המצטרף לסדרת עיוותים דיוניים שכבר ספג ההליך דנן, באופן הפוגע באמון הציבור", טען נתניהו בתגובתו. לדברי ראש הממשלה, "העמדה שמבקשת היועצת המשפטית לממשלה מבית המשפט לאמץ, דוחה את ידה המושטת של הממשלה להסרת מחלוקת נוקבת בסוגיה הקשורה לביטחון המדינה מסדר יומה של המדינה בזמן מלחמה ועלולה לגרור את ישראל למאבק מיותר בין כלל רשויות השלטון".
נתניהו חשף את האינטרס של היועמ"שית לפסק דין עקרוני: "הכרעה בשאלה ה"עקרונית" מעבר לסוגיה נשוא הליך זה, ובפרט כאשר המקרה הראשון הרלוונטי לדיון עקרוני זה הוא ההליכים להדחתה של עו"ד גלי בהרב מיארה מתפקידה כיועצת המשפטית לממשלה, צריכה להתקבל בהליך שבו הצד המבקש את ההכרעה העקרונית אינו נגוע בעניין אישי לגביה".
"ממשלת ישראל סבורה שהעת הנוכחית בה מצוי עם ישראל במלחמה עם אויביו בשבע חזיתות, אינה העת המתאימה להעמקת המחלוקת הציבורית בנושאים הקשורים לביטחון המדינה. זו אינה העת לא לרפורמת מינויים חקיקתית וקל וחומר שלא לרפורמת מינויים שיפוטית", נכתב.
"על רקע זה, מתוך אחריות לאומית, ומכיוון שלנוכח מועד התפטרותו של רונן בר פקע הצורך הדחוף בהכרעה מידית, העדיפה הממשלה למנוע את עימות הרשויות בסוגיית הכהונה של ראשי מערכת הביטחון וביטלה את החלטתה. מאידך, מגלה היועצת המשפטית לממשלה חוסר אחריות לאומית, ומבקשת מהרשות השופטת לדחות את ידה המושטת של הרשות המבצעת ומעוניינת לגרור את ישראל בעיצומה של מלחמה, ולמרות שאין בכך כל צורך קונקרטי, למאבק בין רשויות. הממשלה סבורה שאין זו העת לכך", נכתב בסיום עמדת נתניהו והממשלה.