השופטים הבהירו כי הצו יוצא מטעמים דיוניים בלבד, ועם זאת לצו ישנה משמעות מעשית חשובה ביותר: כאשר עותר מגיע אל בית המשפט הוא צריך לשכנע את השופטים לקבל את העתירה שלו כאשר יוצא צו על תנאי. המשמעות היא ששר המשפטים והיועמ"שית, כל אחד לפי חלקו, יצטרכו לשכנע את השופטים מדוע לא לקבל את העתירות. בכך, נקודת האיזון משתנה – נטל ההוכחה עובר מהעותרים אל המשיבים.
קולה, נציב תלונות השופטים ושופט בדימוס, קיבל על עצמו ביום חמישי את תפקיד האחראי על החקירה של הפצ"רית "בהתאם לכתב המינוי שנשלח אליו מטעם שר המשפטים". הנציב הוציא מכתבים לכלל הגורמים הנוגעים בדבר ומלווים את החקירה וביקש מהם לשתף עמו פעולה. אלא שבינתיים הספיק המפכ"ל לוי לבלום את המהלך ומחכה להכרעת בג"ץ.
קולה מונה בתקופת לוין לנציב, זאת לאחר שהקואליציה חוקקה חוק ששינה את הרכב וועדת המינוי כך שתוכל למנות אדם כרצונה. מינוי קולה מעלה מספר בעיות - אחת, האם לשר לוין סמכות להפקיע ולקבוע "חוקר", במיוחד לאחר שכבר הביע את רצונו שוב ושוב לפטר את היועצת המשפטית לממשלה בכל מחיר.
השנייה, האם קולה יכול בעצמו יכול להיות מפקח בשל תפקידו כמבקר שופטים? לפי החוק, הנציב לא יכול לעסוק בדבר אחר מלבד תפקידו, אך מעבר לכך ישנה סכנה גדולה לפגיעה בעצמאות השיפוטית של השופטים שיעסקו בפרשה. כיצד אמורים השופטים שידונו בפרשה לנהוג כשהנציב שמבקר אותם הוא ראש היחידה החוקרת בפועל? אם יחליטו כנגד מערך התביעה אותו הוא מנהל בפרשה, מה יעלה בגורלם? האם הוא יוכל לבקר החלטות שיפוטיות בפרשה בכובע הנציב כאשר הוא בעל עניין בתיק? יוצא שקולה עשוי בעצמו להימצא במצב של ניגוד עניינים.
התרעות פיקוד העורף