לדברי לוין, "הותרת החקירה בידי גורמים אשר היו מעורבים במסכת העובדתית העומדת בבסיס החשדות הנחקרות בפרשה, הנה חזרה מובטחת על האירועים שהולידו את החקירה הנוכחית. משמעותה, בראש ובראשונה שיבוש החקירה והעדר אפשרות של ממש להגיע לחקר האמת. משמעותה היא גם פגיעה נוספת ואנושה באמון הציבור במערכות המדינה ובראשם מערכת אכיפת החוק, פגיעה שממנה ספק אם תחיה אפשרות תיקון".
שר המשפטים טוען כי הוא "הפעיל סמכותו באופן המתחייב מתפקידו הציבורי ומהשליחות שנטל על עצמו. סיכול החלטתו לא רק שאינה אפשרית על פי דין, אלא שיחיה בה כדי להוביל לפגיעה אנושה באמון הציבור במערכות המדינה ובראש ובראשונה במערכת אכיפת החוק". לוין האשים: "נראה כי בהעדר נימוק משפטי של ממש, הניסיון לטרפד את החלטת השר אינו אלא ניסיון למנוע הגעה לחקר האמת בפרשה. אל לו לבית המשפט לתת יד לניסיון פסול זה".
עוד הוסיף לוין: "לא ניתן להפריז בחשיבותה של ההכרעה המונחת לפתחו של בית המשפט הנכבד. לאחר כל שאירע כבר בפרשה זו, הרי שהפקדת ליווי החקירה בידי כב' השופט בדימוס קולה הינה בבחינת קרש הצלה לא רק לאפשרות של חשיפת האמת, אלא גם להשבת אמון הציבור במערכות אכיפת החוק כולן. אין בנמצא ולו נימוק אחד שיש בו כדי להצדיק את הדרתו של השופט בדימוס קולה מליווי החקירה ואת החלפתו בגורם אחר, לא כל שכן גורם שיש לו, לממונים עליו ולכפופים לו, נגיעה ישירה לעניינים נשוא החקירה".
לוין עקץ: "נדמה, כי אין צורך להכביר מילים על כשלונו של הפורמט אשר אומץ בשעתו בעניין זה, לפיו הסגן בודק את המערכת שהוא חלק ממנה וחוקר את הממונה עליו ואת הכפופים לו ישירות. חזרה על פורמט זה באמצעות מינוי פרקליט המדינה לבדוק עניין הנוגע לו עצמו ולמערכת שהוא חלק ממנה, ותוך שהוא אמור ללוות את מרכיבי החקירה הנוגעים לממונה עליו ולכפופים לו ישירות, היא בבחינת אבסורד מוחלט, תוצאה שהדעת לא סובלת, ליקוי מאורות, ומכת מוות לבירור האמת ולאמון הציבור בהליך כולו".
בנוסף לאחר אינספור דחיות, במסגרתן הופרו הוראות של שופטי בגץ ביחס לסד הזמנים בו מותר ליועצת המשפטית לממשלה להגיש את תגובתה לעתירות – היועמ"שית הגישה גם את תגובתה. לפי כתב התשובה של היועצת, החלטות השר הן "בלתי חוקיות מיסודן" ו"מבקשות לקבוע תקדים מסוכן לפיו בכוחו של שר המשפטים להתערב בחקירה משטרתית פרטנית בעודה מתנהלת". עוד נכתב כי מעורבות כזו "סותרת מושכלות יסוד בדבר עצמאות מערכת אכיפת החוק והיותה בלתי תלויה בדרג פוליטי".
היועמ"שית טוענת כי כבר משנות השישים נקבע בדוח ועדת אגרנט ובפסיקות בית המשפט העליון כי שר המשפטים מנוע מלהתערב בהליכי חקירה והעמדה לדין, ומבהירה שהסמכות למנות תובעים נתונה ליועץ המשפטי לממשלה בלבד. "אין תקדים להתערבות כזו של דרג פוליטי בבחירת תובע מסוים לתיק מסוים", נכתב בתגובה.
עוד מציינת היועמ"שית כי החקירה בפרשת "שדה תימן" מתנהלת בידי המשטרה ובליווי פרקליטות המדינה, וכי היועצת המשפטית לממשלה הפסיקה לעסוק בנושא עם קבלת חוות הדעת של היועצת המשפטית למשרד המשפטים. לפיכך, נטען, החלטת השר למנות במקומה את השופט בדימוס קולה נעשתה בניגוד לדין וללא כל סמכות.
לדברי היועמ"שית, יש להורות על ביטול החלטת השר ולתת צו מוחלט שימנע כל התערבות פוליטית בחקירה. עוד נמסר כי על המשטרה להשלים את החקירה בליווי פרקליטות המדינה "כמקובל בתיקים המנוהלים ללא מעורבות פוליטית".
התרעות פיקוד העורף