שטיין הוסיף כי במצב המיוחד שנוצר, שיקולי נראות ציבורית ומראית פני הצדק יוצרים, לדעתו, מניעות מוסדית שאינה מאפשרת להעביר את התפקיד לפרקליט או פרקליטה מפרקליטות המדינה. לכן, וכפי שמתחייב מחוק סדר הדין הפלילי, השר חייב למנות לתפקיד משפטן בכיר בעל מומחיות בתחום המשפט הפלילי, נקי מאינטרסים אישיים ומהשפעות פוליטיות - אדם שמכלול נתוניו מקרבים אותו, ככל שניתן, לפרקליט בכיר בפרקליטות המדינה. מטעמים אלה, שטיין הצטרף לתוצאה שאליה הגיעה השופטת וילנר, תוך שהוא מזהיר מפני פוליטיזציה של המשפט הפלילי.
השופטת גילה כנפי-שטייניץ כתבה: "לו הייתה הפרקליטות משנסת מותניים ועורכת בדיקה יסודית ועניינית של ניגודי העניינים הכרוכים בפרשה על-ידי הגורם המוסמך לכך, ומשכילה למצוא מתוך שורותיה גורם בכיר שלא מתעורר לגביו חשש כאמור - ייתכן שהתוצאה הייתה אחרת. אולם כזאת לא נעשה, ואף לא הוצע כל מנגנון אחר שיש בו כדי לפתור את החששות שהועלו. בנסיבות אלה, הופעלה סמכות השר".
חוות הדעת העיקרית נכתבה על-ידי השופטת יעל וילנר, שקבעה כי בנסיבות החריגות והקיצוניות של הפרשה, החלטת השר - להטיל את תפקיד הפיקוח על החקירה על גורם מחוץ לייעוץ המשפטי ולפרקליטות - ניתנה בסמכות. עם זאת, נקבע כי לא ניתן להטיל את התפקיד על נציב תלונות הציבור על שופטים, לנוכח הוראות החוק המסדירות את תפקידו.
לתוצאת פסק הדין הצטרפו השופטים אלכס שטיין וגילה כנפי-שטייניץ, ונקבע פה אחד כי החלטת השר מבוטלת; וכי אם יקבל החלטה חדשה, עליה לעמוד באמות המידה והמגבלות שנקבעו בפסק הדין. וילנר הדגישה כי אין בהחלטה כדי להטיל דופי במוסד הפרקליטות וכי הגורם שימונה יוכל להסתייע בפרקליטות לפי הצורך.
התרעות פיקוד העורף