הבקשה נפתחת בטענה שהצו הארעי הוצא בנסיבות חריגות. לוין טוען כי הצו "מבוסס על מצג מוטעה, שעה שכלל לא הייתה ‘החלטה’ של השר, שבגינה יש לכאורה מקום להוציא צו ארעי". במסמך נטען כי פניתו של לוין ליועצת המשפטית לממשלה נועדה לקבל את עמדתה לגבי יישום פסק הדין, ולא לשנות עובדות או לבצע מינוי חדש.
לוין טוען כי "הצו הארעי יצר מציאות שאינה עולה בקנה אחד עם פסק הדין", וכי הוצאתו נעשתה ללא שנמסרה לו הבקשה וללא שניתנה לו זכות תגובה. לדבריו, משמעות הצו היא פגיעה בסמכותו החוקית לממש את החלפתו של נושא התפקיד לפי פסק הדין, לצד פגיעה חמורה בתקינות עבודת המערכת.
בבקשה נטען כי פעולתו של לוין נעשתה מתוך כוונה “לכבד את חובת ההיוועצות” ולא בצעד חד-צדדי. עוד הוא טוען כי עמדת המדינה שהוצגה לבית המשפט "מבוססת על טענות שאין להן בסיס בפסק הדין או בחוק", וכי חלק מהטענות שהוצגו יוצרות מצג שגוי בנוגע למעשיו.
המסמך מצביע גם על קשיים שנוצרים עקב עיכוב תחילת עבודתו של השופט בן חמו. לוין כותב כי העיכוב גורם לפגיעה מהותית בתפקוד המערכת, בין היתר מאחר שמדובר במינוי חיוני שעליו הורה פסק הדין שניתן.
בבקשה נכתב כי בג"ץ קבע "פה אחד, כי קיים קושי ממשי להפקיד את הפיקוח על החקירה בידי בכירי הייעוץ המשפטי או בכירי פרקליטות המדינה. כעת, אותם גורמים ממש אשר נפסלו על ידי בית המשפט העליון מלפקח על החקירה נוכח מעורבותם בפרשה, עושים דין לעצמם, מתעלמים מניגוד העניינים בו הם מצויים ועותרים לבית המשפט על מנת לשלול את סמכותו של השר למנות גורם פיקוח חיצוני. אין צורך להכביר מילים על חומרת התנהלותם של גורמים אלה והחשש שמתעורר, כי מטרתה של פעולה חסרת תקדים זו היא לא אחרת מאשר, עיכוב החקירה ושיכולה ובדרך זאת מניעת הגעתה לחקר האמת".
לוין המשיך לתקוף: "מצב בו פועלים בכירי פרקליטות המדינה בניגוד עניינים הנו חמור במיוחד שעה שפעולה זו נעשית לאחר שבית המשפט פסק, כי הם מנועים מלפקח על החקירה וממילא מנועים מלעשות שימוש בתפקידם על מנת לשנות את קביעתו של בית המשפט".
עוד הוסיף לוין כי "כידוע, פעולה בניגוד עניינים על ידי עובד הציבור, עלולה לעלות כדי הפרת אמונים במקרים המתאימים, אולם, מובן, כי מעמדה של החלטה מנהלית המתקבלת תוך ניגוד עניינים דינה בטלות. עתירת פרקליטות המדינה הוגשה בניגוד לדין, בהעדר סמכות ובניגוד עניינים. כל אלה מחייבים את המסקנה שדין עתירתה מחיקה על הסף".
נשיא בית המשפט העליון השופט יצחק עמית החליט לאחד את הדיון בבקשות לדיון נוסף בשאלת סמכותו של שר המשפטים למנות מחליף ליועמ"שית הנמצאת בניגוד עניינים, והורה ליועמ"שית להשיב לבקשה של לוין למחיקת הבקשה לדיון נוסף שהגישה. כלל התגובות יוגשו עד יום שלישי, ולאחריהן יוחלט מה ייעשה בהמשך ההליך.
במקביל, לשכת עורכי הדין נתראה לבג"ץ נגד מינוי השופט בן חמו כמפקח על חקירת הפרקליטה הצבאית הראשית. השופט דוד מינץ הורה להעביר את התיק לפני הרכב, ולהגיש תגובות לעתירה בתוך 48 שעות. השופט מינץ דחה את הבקשה להוציא צו הראי שיקפיא את כניסת בן חמו לתפקיד – בדומה לצב אותו בחר הנשיא אמיץ כן להוציא במסגרת הבקשות לדיון נוסף.
התרעות פיקוד העורף