בתצהיר מפורט גם הרקע להליך קודם שהתנהל בבג"ץ, שבמסגרתו ניתן צו ביניים שהשהה את הביקורת בצה"ל, ולאחר מכן סוכמו "מתווים מוסכמים" לקיום הביקורת, שקיבלו תוקף של פסק דין והחלטה. המבקר מדגיש כי העתירות הנוכחיות הוגשו לאחר אותם מתווים, וכי הסנגוריה הצבאית, שלדבריו "הייתה מודעת לחלוטין להליך הקודם ולתוכנו ובחרה בכוונת מכוון שלא להצטרף אליו, הגישה עתירתה בשיהוי קיצוני, והיא כבולה לאמור במתווים המוסכמים ולתוצאות פסק הדין".
עוד נכתב: "ישנם בעלי תפקידים, בדרג המדיני ובדרג הצבאי, שחשפו לציבור פרטים מהותיים מתוך הליכי הביקורת, בין אם באמצעות התקשורת ובין אם במסגרת העתירות דנן (ללא חיסוי המידע)". בהמשך נאמר: "התנהלות זו אינה תקינה שכן במצב דברים זה, שבו הליכי הביקורת הופסקו טרם השלמת הדוחות ופרסומם לציבור, נחשף הציבור לתמונה חלקית, כפי שנמסרה על-ידי בעלי תפקידים כאמור, במקום לקבל דוחות ביקורת מלאים וסופיים, הכוללים את ממצאיו של מבקר המדינה, כפי שהם מתגבשים בהתאם למתודולוגיה המקצועית של ביקורת המדינה. דומה שאין צורך להכביר מילים על המשמעות הבעייתית של המקרים האמורים ועל הנזק לאינטרס הציבורי במצב דברים זה".
המבקר טוען כי סמכותו מעוגנת בלשון הרחבה של חוק יסוד: מבקר המדינה ובחוק מבקר המדינה, וכי הכנסת ביקשה במפורש למנוע פרשנות מצמצמת של הסמכות. בתצהיר מצוין כי סעיף 2(א) לחוק היסוד הוסף "מתוך מטרה מוצהרת של הכנסת למנוע פרשנות מצמצמת של סמכותו של מבקר המדינה ולהבטיח שביקורת המדינה תהא רוחבית ומערכתית". עוד נכתב כי ביקורת המדינה "אינה מכוונת לבחינת תוכנן של החלטות 'מדיניות ואסטרטגיה' ואינה עוסקת בשאלת נכונותן לגופן; אלא, ביקורת המדינה מתמקדת באיתור פערים בין נורמה למציאות, בזיהוי ליקויים בתהליכי קבלת החלטות, ביישום מדיניות או בהיעדרה, ובהמלצה על דרכי פעולה לתיקון הליקויים שנמצאו".
בתשובה התייחס המשרד גם לשאלת הקמת ועדת חקירה ממלכתית. נכתב כי "לא זו בלבד שביקורת המדינה אינה שוללת הקמת ועדת חקירה, אלא היא אף פותחת ערוץ נוסף להקמתה", וכי המחוקק ראה בביקורת המדינה ובוועדת חקירה "כלים משלימים, ולא סותרים". עוד צוין כי דוחות של ועדות חקירה בעבר הסתמכו על דוחות מבקר המדינה, וכדוגמה הובאה ועדת החקירה הממלכתית לעניין כלי השיט, שהסתמכה על שבעה דוחות של המבקר, בהם דוחות בתחומי הביטחון, התקציב, הפיקוח על יצוא ביטחוני ויישום חוק המל"ל.
התרעות פיקוד העורף