היועצת המשפטית לממשלה, שעיכבה את ההליך במשך זמן רב, הפסידה בבג"ץ. דעת הרוב קבעה כי הייעוץ המשפטי אינו מוסמך לחסום כך הפעלת סמכות. השופט אלרון כתב כי פרשנות כזו "מקימה מכשול אחר מכשול; גוזרת צמצום אחר צמצום; ומותירה פתח צר ביותר לממשלה להפעלת סמכותה... לא ניתן לקבלו" . השופט שטיין הוסיף: "הנציב לא הוסמך בשום חיקוק למחוק על הסף הליך פיטורין אשר נפתח על ידי שר הכלכלה. אשר על כן, אין לו סמכות לעשות כן". מנגד, השופט כבוב סבר כי החלטה לכנס ועדה היא החלטה מנהלית הכפופה לכללי המשפט המנהלי, ובכללם הצורך בתשתית עובדתית מתאימה .
לאחר פסק הדין ביקשה היועצת המשפטית לממשלה לקיים דיון נוסף, בטענה כי יש להכיר בסמכות הייעוץ המשפטי לבחון מראש הפעלת סמכויות סטטוטוריות. בבקשה נטען בין היתר כי דעת הרוב "איננה מעניקה כל משקל לחשש שמא הליכי הדחה יופעלו בשרירות או ינוצלו לרעה" .
בהמשך, נציב תלונות הציבור על שופטים קבע כי תלונה שהגישה עמותת לביא נגד הנשיא עמית בנוגע לניגודי עניינים נמצאה מוצדקת. בעקבות כך, שר המשפטים הפעיל את סמכותו לפי חוק בתי המשפט למנות בא כוח להגשת קובלנה משמעתית נגד הנשיא.
בערב שבו הורה הנשיא על קיום הדיון הנוסף לגבי סמכויות הייעוץ המשפטי לממשלה, שלחה היועצת המשפטית לממשלה מכתב לשר המשפטים שבו כתבה: "סמכותו של שר המשפטים להגיש קובלנה משמעתית נגד שופט היא סמכות חריגה ויוצאת דופן... גוברת החשיבות כי סמכות מנהלית רגישה זו תופעל על ידי השר אך ורק בהליך סדור ותקין, על בסיס תשתית ראייתית מוצקה וברורה... פעולתך אינה עומדת באמות מידה נדרשות אלה וחסרת תוקף משפטי" .
עמותת "לביא" טוענת כי תוצאת הדיון הנוסף עשויה להשפיע ישירות על האפשרות לחסום את הקובלנה נגד עמית. לפי הערעור, אם תתקבל עמדת היועצת וייקבע כי היא מוסמכת לבצע בדיקה מקדמית ולחסום הפעלת סמכות בשל היעדר תשתית ראייתית, הדבר עשוי למנוע את הגשת הקובלנה. מנגד, אם תיוותר על כנה דעת הרוב, לא תהיה לה סמכות כזו .
עוד נטען כי החוק קובע ששופט לא ישב בדין אם יש לו "ענין כספי ממשי או ענין אישי ממשי בהליך או בתוצאותיו" , וכי בענייננו של עמית מתקיים עניין אישי כזה. בנוסף נטען כי גם אם לא מתקיים חשש ממשי למשוא פנים, הרי שמדובר במקרה של פגיעה במראית פני הצדק, וכי "צדק צריך להיראות, ולא רק להיעשות" .
עמית דחה את בקשת הפסלות. בהחלטתו קבע כי הסוגיות שבמוקד הדיון הנוסף אינן עוסקות בסמכות שר המשפטים להגיש קובלנה, וכי הטענה בדבר תשתית עובדתית מספקת "אינה מייצרת קשר ענייני ביניהם". עוד נקבע כי "הטענה כי ההכרעה בהליך עשויה להשפיע על הסוגייה שצוינה בבקשה נעדרת כל בסיס משפטי, ואין בה כדי לבסס עילה לפסלות שופט, אף לא בקירוב. כידוע, אין די בחששות תיאורטיים והשערות בעלמא כדי להקים עילת פסלות" .
בערעור נטען כי קביעה זו מתעלמת מהאפשרות שהכרעה בדיון הנוסף תשפיע בפועל על מצבו האישי של הנשיא, וכי די בחשש סביר לניגוד עניינים כדי להצדיק פסילה. בנוסף נטען כי בהחלטת הפסלות אימץ הנשיא בפועל את עמדת המיעוט בפסק הדין המקורי, עוד בטרם נשמעו טענות הצדדים בדיון הנוסף. בסיום מתבקש בית המשפט לקבל את הערעור ולהורות כי הנשיא לא ישב בדין בדיון הנוסף.
התרעות פיקוד העורף