בהתאם לכך, ובהיעדר מניעות בעניינו, הוא הגורם הבכיר במערכת שאליו ניתן להעביר את חומרי החקירה לצורך בחינתם ובהמשך לקבוע אם יש להגיש כתב אישום ונגד מי. קוטיק, תמסור לבית המשפט חוות דעת במעטפה סגורה, לצד זאת, יוגשו לבית המשפט גם עיקרי חוות הדעת באופן גלוי. חוות הדעת של קוטיק, גובשה מבלי נחשפה לחומרי החקירה עצמם, והיא נשענת על תמצית עובדתית שהועברה אליה על ידי משטרת ישראל.
ביחס ליועצת המשפטית לממשלה נקבע כי אנשי לשכתה ליוו את צוות הבדיקה בפרקליטות הצבאית, שתפקידו היה לבחון את מקור דלף המידע. במסגרת זו, חלק מהגורמים מטעמה כבר מסרו עדות במשטרה, ועשויים להידרש למסור עדות גם בהמשך ההליך ככל שיתנהל. בשל כך קיים חשש לניגוד עניינים, ולכן המניעות שנקבעה בעניינה ובעניין אנשי לשכתה נותרת על כנה.
עוד צוין כי ככל שיחול שינוי בהנחות שעליהן התבססה חוות הדעת בנוגע לליווי החקירה על ידי פרקליט המדינה, ניתן יהיה לשוב ולבחון את הדברים באופן קונקרטי.
התנועה לאיכות השלטון בתגובה להחלטת יועמ"שית משרד המשפטים להעביר את תיק הפצ"רית לפרקליט המדינה ולא ליועמ"שית: "עו"ד קוטיק ממשיכה לפעול כזרועה הארוכה של שר המשפטים לוין. המשטרה הבהירה באופן חד-משמעי שאין כל ראיה למעורבות היועצת המשפטית לממשלה בפרשה - ובכל זאת קוטיק בוחרת לפסול אותה ולהעביר את התיק לפרקליט המדינה, בניגוד לעמדת התנועה בעתירה".
עוד נמסר: "חשוב להדגיש: עו"ד קוטיק אינה מוסמכת לעיין בחומרי חקירה, אינה תובעת על פי חוק, ומצויה בעצמה בניגוד עניינים חמור לנוכח קשריה האישיים עם שר המשפטים - קשרים שלפי הפרסומים הסתירה מהוועדה שבחנה את מינויה. הדרך שבה הגיעה להחלטתה, לאחר שדרשה שוב ושוב לקבל חומרי חקירה ללא סמכות, רק מחזקת את החשש שהיא פועלת לשרת אינטרסים פוליטיים ולא את האינטרס הציבורי. אסור להשלים עם מצב שבו גורם בלתי מוסמך קובע מי ינהל חקירה פלילית רגישה, תוך עקיפת הגורם המוסמך בדין - היועצת המשפטית לממשלה".
התרעות פיקוד העורף