כזכור, בעקבות התחקיר בערוץ 2, פתחה המשטרה מחדש את התיקים ועצרה את ד"ר מריה זקוטסקי, רופאה מרדימה בבית החולים מאיר, שניהלה רומן עם קופר בעת שהיה נשוי. לאחר חקירה הודתה הרופאה כי סיפקה לבן זוגה חומר ממית. בנובמבר 2012 הוגש נגדו כתב אישום, המייחס לו את רצח אשתו השלישית ג'ני מור־ חיים. במרץ 2013 הוא הואשם גם ברצח אשתו הראשונה אורית דורון.
ביחס למותה של דורון נכתב בכתב האישום כי בשנת 1994 "המית הנאשם את אורית דורון ז"ל בביתם בדרך שאינה מותירה סימן בגופה. בבוקר פיזר הנאשם כדורים וחפיסות ריקות של כדורים ותרופות הרגעה לצדה של אורית כדי ליצור מצג שווא, שלפיו נטלה את חייה בידיה". לגבי מותה של מור־חיים ב־2009, נטען כי קופר סיפר לקרוביה כי היא סובלת מדיכאון וניסתה לשים קץ לחייה. לאחר מותה, פיזר קופר בסביבתה כדורים וחפיסות ריקות של תרופות כדי ליצור מצג שווא כאילו התאבדה. פסק הדין כלל 325 עמודים והטיעונים לעונש צפויים להינתן בחודש הבא.
התרעות פיקוד העורף