התיק החל עוד לפני שש שנים, כאשר קבע פקיד שומה ברשות המיסים שומות כי על הרב אבוחצירא לשלם כ-14 מיליוני שקלים בגין שנות המס 2003-2009. הרב אבוחצירא, טען כי הוא אינו נותן שירותי דת ואינו מפיק הכנסות בהילולות או באירועים או בכל דרך אחרת. אין בביתו קבלת קהל ואין מנגנון לקביעת תעריפים או שעות ביקור. עוד טען, כי הוא לא ייעץ למאמיניו לרכוש דירות מקבלנים, אין לו קשר עסקי עם חברות קבלניות והוא אינו נותן ייעוץ עסקי. לטענתו, כספים שניתנו לו הן מתנות שניתנו כמחווה של "הבעת תודה במישור הרגשי" על רקע אישי, חברי ואמוני וללא כל מתן שירות או תמורה, ואין לחייבן במס. באשר לגידול בהונו, טען הרב אבוחצירא כי מדובר בכספי ירושה ובמתנות בסכומים ניכרים שהתקבלו לרגל חתונות ילדיו, ובין היתר, שימשו המתנות לרכישת דירות לילדיו.
רשות המסים טענה בבית המשפט כי הרב אבוחצירא הוא בעל עסק ויש לו משלח יד במסגרתו הוא נותן לקהל מאמיניו שירותי דת הכוללים, בין היתר ברכות, עצות, השתתפות באירועים ועוד.
בפסק הדין נכתב עוד כי "עצם קיומו של מוסד הרב, של החצר, היא התמורה. נוכחותו של הרב עצם קיומו, מיהותו היא התמורה העקיפה להעברות הכספיות או שוות הכסף לידי הצדיק. קל וחומר שעה שהרב מקבל את מאמיניו לשם מתן ברכות ועצות, שעה שהרב וחצרו עורכים הילולות ומשמרים בכך מסורת רבת שנים של קשר בין הקהל והמנהיג הרוחני, שעה שהרב מקפיד להיות נוכח באירועי שמחה משפחתיים כחתונות של מאמיניו ועצם נוכחותו מהווה ברכה כבוד וזכות. אילו הם השירותים שהרב נותן לקהילתו ובתמורה הקהילה דואגת לפרנסתו". בית המשפט ציין כי נכון הוא שהמתנות והתרומות ניתנות ככל אשר ידבנו לבו של נותן או נותנת התרומה , אולם קיים ציווי פנימי עמוק למתן מתת זה, קיימת אמונה וקיים צורך. על כן אין זו מתנה שכולה נדיבות וללא תמורה".
אולם בניגוד לעמדת הפרקליטות כי גובה המס עומד כל כ-14 מיליון שקלים, החליט בית המשפט כי על הרב אבוחצירא ובני משפחתו לשלם כ-8 מיליון שקלים בלבד, כיוון שהחליט לנכות כספים שהוכח שהרב אבוחצירא העביר לנזקקים והיה רק צינור לקבלת התרומה. עוד נקבע, כי כספי מתנות שהתקבלו מחתונות משפחתיות של משפחתו פטורות ממס, תוך שהודגש כי מדובר דווקא על "מתנות בסדר גודל מקובל בנסיבות, אשר ניתן לומר שהן ניתנות שלא בהכרח בשל מעמדו ותפקידו של המערער והיו ניתנות גם אם אלמלא מקבל המתנה היה המערער או מי מבני משפחתו".