בתחילת הדיון, שאל עו"ד בן צור האם נבדקו כמויות של כתבות שליליות וחיוביות על נתניהו ב'וואלה', וכן עלתה השאלה האם היה דיון בסוגיית ההדלפות מתוך מידע שהגיע לרשות לניירות ערך, טרם ההחלטה על חקירה בתיק 4000. עו"ד בן צור: "בעיתונים הבינו שהוצע לפילבר להיות עד מדינה וגם העיתונאים כבר החליטו את הדבר הזה. איך פתאום שיחה עם עיתונאי הפכה לחקירה על שיבוש?".
לאחר מכן נטען כי באוגוסט 2017, התקשר עמית סגל לפילבר שטען כי לא יהיה עד מדינה נגד נתניהו. באותו שלב נטען ברשות לניירות ערך כי הדבר כלל לא עמד על הפרק, אולם פילבר הוזהר בעקבות השיחה הזאת. בנוסף, הובא ציטוט מחקירתו של פילבר במשטרה באוקטובר 2017, שאמר כי "אחרי שתי ימי חקירות פה וגיא פלג כבר ידע הכל".
עו"ד בעז בן צור, סנגורו של ראש הממשלה בנימין נתניהו, חקר את עמיעד בנוגע לפעולות החקירה שנערכו בנוגע ל"פגישת ההנחיה" שנערכה בין נתניהו למנכ"ל משרד התקשורת לשעבר שלמה פילבר. בן צור עצמו טוען שכלל לא התקיימה וכי לא וידאו בגורמי החקירה את קיומה ואת מועדה באופן ראוי.
המשך לחקירה הנגדית עוסקת למעשה בכמה צמתים משמעותיים בכתב האישום, אחת מהן נקראה 'שיחת ההנחייה', והאחת נקראת 'שיחת הנזיפה'. החוקר עמיעד מהרשות לניירות ערך אמר "בחקירה אמרתי לנתניהו ששיחת הנזיפה נערכה בפברואר ומרץ 2016, עם התכתבויות מייל שנעשו". עו"ד בן צור טען מצדו כי "החקירה הייתה רשלנית כי לא הותר המועד של 'שיחת הנזיפה'".
התרעות פיקוד העורף