שגב, שבשנים האחרונות התגורר בניגריה, הגיע לגיניאה המשוונית במהלך חודש מאי 2018. שגב הועבר לישראל על פי בקשת משטרת ישראל, לאחר שגינאה המשוונית סירבה להתיר את כניסתו לשטחה על רקע עברו הפלילי. שגב נעצר לחקירת השב"כ והמשטרה מיד עם הגעתו לישראל, לאחר שנאסף מידע שהצביע על חשד כי שגב מקיים קשרים עם גורמי המודיעין האיראני ומסייע להם בפעילותם נגד מדינת ישראל.
בחקירה בשב"כ ובמשטרה התברר כי שגב גויס ופעל כסוכן מטעם המודיעין האיראני. החקירה העלתה כי בשנת 2012 נוצר קשר בין שגב לבין גורמים מהשגרירות האיראנית בניגריה, ובהמשך אף הגיע פעמיים למפגשים באיראן עם מפעיליו, תוך שזהותם כאנשי מודיעין הייתה ברורה לו.
התרעות פיקוד העורף