צוות התחקור קבע כי צה"ל כשל במשימת ההגנה על הקיבוץ ותושביו. לחימתם בגבורה ובאומץ לב של לוחמי ומפקדי כיתת הכוננות, לצד תושבי הקיבוץ וצוות החירום היישובי, תוך חתירה למגע ופגיעה באויב, ראויה להערכה. לחימה זו צמצמה את היקף הפגיעה בקיבוץ.
85 מחבלים השתתפו בהתקפה על הקיבוץ. מממצאי התחקיר עולה כי רובם חדרו לשטח הקיבוץ דרך השער הראשי בשלושה גלים, שבמהלכם ביצעו מעשי הרג, חטיפות וביזה.
ערב מתקפת הפתע פעל בגזרה גדוד 934 של חטיבת הנח״ל, שהוגדר ״גדוד כרם שלום״. אחת מפלוגות הגדוד הוגדרה כפלוגת עתודה והוצבה בשגרה במחנה "אמיתי" והייתה תוספת לכוחות בשגרה. כוחותיו היו פרוסים בעמדות קדמיות עם פרוץ ההתקפה.
התחקיר קובע כי בשעה 06:29 ארגון חמאס פתח במכת אש מרצועת עזה לעבר יישובי הנגב המערבי, ובהם גם קיבוץ ניר יצחק והמוצבים הצבאיים במרחב: ״המחבלים חדרו לשטח מדינת ישראל על גבי כלי רכב ובאופן רגלי. תוך דקות ספורות, הגזרה ובה לוחמי הגדוד הגזרתי, היו תחת מתקפה מאורגנת בה הגדוד היה מצוי בנחיתות מספרית משמעותית".
ציר הזמנים כפי שגובש ונבחן על ידי צוות התחקיר:
שלב א'
06:29 בעקבות התרעות "צבע אדום", חברי כיתת הכוננות של קיבוץ ניר יצחק היו במוכנות ללחימה בבתיהם.
06:31 החלו דיווחים על פריצה ופשיטה של מאות מחבלים חמושים לעבר שטח ישראל.
מפקד פלוגת 'סופה' הורה לכוחותיו לצאת להגנת המרחב בין היישובים ולחבור לקיבוץ. בשלב זה, כל המפקדים בעמדות הקדמיות במחנה ונלחמו, לרבות טנק שהתמקם בעמדה שולטת במרחב והחל לפגוע במחבלים.
צוות הטנק פגע וחיסל יותר ממאה מחבלים חמושים וכן פגע בטנדרים ואופנועים, ובכך צמצם באופן משמעותי את היקף ההתקפה והפשיטה של המחבלים מנקודה זו. הקרב נמשך עד שאזלה לצוות הטנק התחמושת והוא נפגע.
שלב ב'
06:50 כיתת הכוננות נכנסת לעמדות הגנה בנקודות היקפיות בתוך הקיבוץ
בשלב זה, מחנה "סופה" בו שהו הכוחות הגזרתיים היה תחת מתקפת מחבלים.
07:10 כיתת הכוננות והרבש"ץ היו ממוקמים בעמדות ההגנה על פי תרגולת שנקבעה מראש. 7 מחבלים חמושים בטילי כתף, רימונים וכלי נשק חדרו לקיבוץ כשהם רכובים על אופנועים וטנדרים. בשלב זה נהרג חבר בכיתת הכוננות בעת שנלחם מולם כדי לבלום את כניסתם לקיבוץ. המחבלים הציתו אש בסמוך למפעל הממוקם בכניסה לקיבוץ.
07:45 לערך עזבו את הקיבוץ.
בזמן הזה חברי כיתת הכוננות ערכו סיורים ושיפרו את היערכותם באזור השער הראשי ובעמדות בקיבוץ.
09:06 כ-25 מחבלים הגיעו לשער הראשי של הקיבוץ. שני חברי כיתת הכוננות הגיעו לשער בעקבות היעדר מענה מחברם שנפל קודם לכן, נלחמו בגבורה מול המחבלים במשך 20 דקות. התחקיר מגלה שהשנים ניהלו קרב גבורה עד שהוכרעו ונהרגו.
שלב ג' פריצת המחבלים לבתים בקיבוץ
בשעה 10:05 חדרו עשרות מחבלים לקיבוץ דרך השער וביצעו הרג, חטיפה, ביזה ופשעים אכזריים נוספים תוך שהם חודרים לעשרות בתים בקיבוץ.
בשעה 11:04 חדרו לתוך אחד הבתים וחטפו חמישה בני משפחה.
מיד אחר כך עזבו כלל המחבלים את הקיבוץ.
שלב ד'
13:30 הגעת כוחות צה"ל לקיבוץ
במשך זמן אף שנשלחו כוחות תגבורת למרחב הקיבוץ, לא הגיע אף כוח עד השעה 13:30. הקרבות הקשה במחנה "סופה" ובאזור מנעו הגעת הכוחות. בעקבות נפילתו של הרבש"ץ והפגיעה במערך הפיקוד ושליטה הגזרתי - מצבו של הקיבוץ לא היה ברור בזמן אמת, אף שהגיעו ידיעות שונות על כך שהותקף.
הכוחות הראשונים שהגיעו היו מהלוט״ר, וכן צוותי לוט״ר אילת וכח של דובדבן. התחקיר קובע כי צה״ל נכשל בהגנה על הקיבוץ. התחקיר משבח את תפקוד כיתת הכוננות והגבורה של אנשיה. כן התחקיר משבח את גבורת צוות הטנק. עוד קובע כי תקיפות חיל האוויר פגעו בעשרות מחבלים סביב הקיבוץ ודרכי הגישה אליו ובכך הפחיתו את היקף הפגיעה בקיבוץ ניר יצחק.
משפחות החטופים בתגובה לתחקיר: "פלסטר על פצע מדמם פתוח"
נדב רודאיף, בנו של ליאור רודאיף, וזמיר חיימי, דודו של טל חיימי, שנרצחו ונחטפו משטח הקיבוץ, ועודם מוחזקים בשבי חמאס, התייחסו לתחקיר צה״ל לאירועי שבעה באוקטובר בקיבוץ ניר יצחק.
"אתמול, לאחר 566 ימים, הוצג תחקיר צה"ל על אירועי שבעה באוקטובר לקהילת ניר יצחק. אנו כאן היום מפני שיקירינו, טל חיימי וליאור רודאיף, יצאו באותו הבוקר ובהיעדר צבא נהרגו בקרב הגנה על הקיבוץ ונחטפו. הם עדיין חטופים. גיבורים בעל כורחם שיצאו באותו הבוקר ועד היום המדינה לא מילאה את חובתה האנושית והמוסרית להחזיר את גופם לקבורה באדמה עליה יצאו להגן".
"לצערנו, את האמת המלאה על אירועי אותו היום לעולם לא נדע, מה שאנחנו כן יודעים הוא שבעוד שבוע נציין את יום הזיכרון לחללי מערכות ישראל ולנו אין קבר. טל וליאור נמצאים ממש קרוב למקום בו אנו עומדים, קולות המלחמה לא פוסקים והפחד שלעולם לא יחזרו מדיר שינה מעינינו. על מנת שנוכל לחזור לחיות בקיבוץ, לגדל פה את ילדינו ולהמשיך להפריח את הנגב טל וליאור חייבים לחזור".
"אנחנו יודעים שמבחינת המדינה, התחקיר אמור להיות תחילתו של תיקון והחזרת האמון שהופר, אבל אנחנו כאן לומר שלא יהיה תיקון ואין אמון עד שהחטופים של ניר יצחק ו-57 החטופים הנותרים, ישובו. אין תיקון למדינה ולצה"ל בלי השבת החטופים".
"התחקירים הם פלסטר על פצע מדמם פתוח. מי שרוצה באמת להתחיל לטפל בפצע צריך למלא את החובה הבסיסית של השבת היקרים שלנו שנלחמו לבד בשבעה באוקטובר. את כולם צריך להחזיר, את בני הערובה השורדים בחיים להחזיר לחיק משפחותיהם ואת החללים לקבורה ראויה באדמת ארץ ישראל הריבונית".
התרעות פיקוד העורף