לעמדת בכירי הצבא, "לצה"ל ולמפקדיו אחריות למניעת פגיעות מיניות ביחידות הצבא. אחריות זו מושתתת על ההכרה במאפיינים היחודיים של המערכת הצבאית, המגבירים סיכון להתרחשות פגיעות מיניות, מצד אחד, ומעצימים תופעה של תת דיווח מצד נפגעים ונפגעות מצד שני. לצה"ל כלים שונים הנועדו להתמודד עם התופעה, וביניהם ההליך הפלילי - חקירת מצ"ח, בחינת התיק בפרקליטות וקבלת החלטה על העמדה לדין".
מהתגובה שהוגשה לבג"ץ עולה כי עבודת מטה נרחבת שבוצעה בצה"ל בשנים 2023-2022 העלתה כי רבים מהדיווחים המוגשים ליוהל"ם על פגיעה מינית אינם מטופלים כראוי בשל חשש המתלוננים מהגשת תלונה למצ"ח, או מההליך הפלילי בכללותו. במצב כזה, אין דרך לקיים הליך פלילי. שנית, נמצא כי בהיעדר חקירה או בירור עובדתי, מפקדים מתקשים לממש את אחריותם ולקבל החלטו פיקודיות בהתאם לסמכויות שעומדות להם. על רקע ממצאים אלה, נקבע נוהל הבירור שמטרתו לאפשר בירורים עובדתיים בטרם קבלת החלטה פיקודית, על ידי מבררים בכירים, העוברים הכשרה מקצועית ייעודית לכך.
בצבא מסבירים כי להליך הבירור מספר תכליות מרכזיות: התמודדות עם תופעה ולפיה מקרים רבים של תלונות בדבר פגיעה מינית אינם מטופלים כלל בשל העובדה כי המתלוננים אינם מעוניינים בקידום הליכים במישור הפלילי; וגיבוש הליך פיקודי מותאם, שיאפשר טיפול הולם בדיווחים, וזאת במקרים מתאימים, ובאופן שיאפשר שמירה על הסדר והמשמעת בצבא, שימור תחושת מוגנות למשרתים, מתן כלים פיקודיים למפקדים לטיפול בתופעות בלתי הולמות, תוך איזון ושמירה על זכויות הנילונים ונפגעי העבירה כאחד. על פי התגובה, בקצה, הנוהל מאפשר הליך של בירור עובדתי, שעל בסיס ממצאיו, יוכל המפקד לקבל החלטה פיקודית ביחס לנילון, ובכך לממש את סמכויותיו לטיפול באירועים בלתי הולמים ביחידתו.
לגבי הנוהל עצמו, נטען כי הנוהל נקבע בהתאם לחוק, ובסמכות. בצה"ל סבורים כי הטענה לפיה הנוהל הוצא ללא סמכות היא שגויה. הנוהל נקבע במסגרת הסמכות החוקית שיש לרשויות הצבא- וזאת מכוח החוק למניעת הטרדה מינית, פקודות הצבא העוסקות בטיפול בפגיעה מינית, ומכוח סמכותם של מפקדי צה"ל מעצם היותם מפקדים בצבא - לנקוט צעדים הנוגעים לטיפול בכשלים ערכיים ובנושאי ניהול כוח האדם שתחתם.
עוד מוסיפים בכירי הצבא כי הנוהל שומר על הזכות להליך הוגן ועל כללי הצדק. לדבריהם הטענות לפיהן הנוהל פוגע בזכויות המשרתים - שגויות. הנוהל גובש בהתאם לדין, ולפסיקה הנוהגת בנושא. הנוהל שומר על הגינות כלפי נילונים ומאפשר להם להתגונן כראוי ביחס לטענות שמועלות נגדם. כך, למשל, הנוהל קובע חובה להעביר מידע מהותי לנילון לגבי המעשים המיוחסים לו. הנוהל מחייב לפרט בפני הנילון את התשתית הראייתית הקיימת נגדו, בכדי לאפשר לו לטעון כנגדה ולהציג את גרסתו לאירועים. במסגרת הנוהל לא ניתן להביא לבחינה דיווחים אנונימיים. הסכמתם של המתלוננים להיחשף בפני המבררים היא תנאי שבלעדין לא יכול להתקיים הליך בירור.
התרעות פיקוד העורף