ההערכה כי ישראל וארה"ב מסוגלות לעורר הפיכה מבפנים התגלתה כפגם יסודי בתכנון המלחמה. במקום לקרוס, השלטון האיראני התבצר והסלים את העימות עם סדרת תקיפות נגד בסיסים, ערים, ספינות במפרץ הפרסי ומתקני אנרגיה. מאחורי הקלעים, על פי הדיווח ב"ניו יורק טיימס", נתניהו מביע תסכול גובר מכך שהבטחות המוסד טרם מומשו, וחושש שטראמפ יחליט לסיים את המלחמה בכל יום.
גורמי מודיעין רבים, הן ב-CIA והן באגף המודיעין של צה"ל (אמ"ן), הביעו ספקנות עמוקה לגבי התוכנית מלכתחילה, כפי שדווח בפרסום ובו עוד נאמר כי גנרלים אמריקאים הבהירו לטראמפ שאזרחים איראנים לא יצאו להפגין בזמן שפצצות נופלות מהשמיים. נייט סוונסון, לשעבר בכיר בצוות המשא ומתן של ממשל טראמפ, הסביר כי מפגינים לא יוצאים לרחובות משום שהם יירצחו, וכי רוב הציבור מעדיף להישאר בבית מאשר למות בהתנגדות למשטר.
אפילו הנשיא טראמפ, שבתחילת המלחמה קרא לאיראנים "לקחת את הממשלה שלכם", שינה לאחרונה את הטון והודה ברשת פוקס ניוז כי כוחות הביטחון האיראניים "קוצרים באנשים עם מכונות ירייה", מה שמהווה מכשול עצום עבור אזרחים חסרי נשק. מרכיב מרכזי נוסף בתוכנית המוסד שנגנז, היה תמיכה בפלישה של מיליציות כורדיות-איראניות מצפון עיראק.
בימיה הראשונים של המלחמה, צה"ל הפציץ באינטנסיביות יעדים במערב איראן כדי לפלס את הדרך לכוחות אלו. עם זאת, התוכנית נתקלה בהתנגדות אדירה. טראמפ נסוג מהרעיון מתוך חשש לחיי הכורדים, וטורקיה העבירה אזהרה חריפה לממשל האמריקאי מחשש לבדלנות. בנוסף, מנהיגים כורדים בעיראק הזהירו כי פלישה כזו רק תעורר רגשות לאומיים ותאחד את העם האיראני.
האמונה ביכולת להפיל את המשטר לא תמיד אפיינה את הצמרת הביטחונית בישראל. בעוד שראש המוסד הקודם, יוסי כהן, שלל ניסיונות לעורר מרד וטען כי מדובר בבזבוז זמן, יורשו ברנע הפך את הקערה על פיה והפנה משאבים רבים לתרחיש זה לקראת המלחמה. שחר קויפמן, לשעבר ראש זירת איראן בחטיבת המחקר של אמ"ן, ציין בכתבה כי הרעיונות הללו נועדו לכישלון מראש. בינתיים, התקווה הישראלית ל"מגפיים איראניים על הקרקע", כפי שהגדיר זאת שגריר ישראל בארה"ב יחיאל לייטר, נותרה בגדר משאלת לב, בעוד המציאות בשטח מכתיבה כללים אחרים לחלוטין.
התרעות פיקוד העורף