מבצע צוק איתן שהביא עימו ביקורת ציבורית גבוהה על חקירות קצינים בכירים לצד תלונות רבות שהוגשו על ידי ארגוני זכויות אדם בארץ ובעולם. בשל כך הוחלט בצה"ל להטיל על המשטרה הצבאית להקים יחידת חקירות מבצעיות מיוחדת שתתמקד רק בחקירות של אירועים מבצעיים שלגביהם עולה חשד להתנהלות לא נכונה או פלילית.
היחידה תורכב ממספר חוקרים בכירים, בעלי ניסיון בחקירות מבצעיות ובפעילות שטח מבצעית. קצין בכיר במשטרה הצבאית סיפר היום בתדרוך לכתבים צבאיים כי מאירועי צוק איתן ישנם 17 תיקים שנחקרים על ידי המשטרה הצבאית ורק לגבי תיק אחד הוחלט על הגשת כתב אישום, אותו אירוע ביזה של לוחמים בכפרים פלסטינים. הנושא הועבר לפרקליטות לקראת ביצוע שימוע ללוחמים וגיבוש סופי של כתב אישום. בשאר המקרים עדיין מתבצעת חקירה.
באשר לאירוע הקשה ברפיח בו נהרג סגן הדר גולדין אומר הקמצ"ר כי אירוע זה לא הועבר לטיפול של המשטרה הצבאית החוקרת.