בערבו של יום שבת האחרון שהה הרב נחמיה לביא בביתו שבעיר העתיקה עם רעייתו וילדיו, כשלפתע שמע צעקות מגיעות מהרחוב. הוא ירד במהרה במדרגות והבחין במחבל פלסטיני דוקר את אדל בנט, שבעלה אהרן בנט נרצח באותו פיגוע. לביא נאבק במחבל, שדקר אותו למוות וחטף את נשקו. "כשאני חושב על המפגש המזעזע הזה של נחמיה עם המחבל, אני לא יכול לחשוב על שני הפכים גדולים יותר. נחמיה הוא סמל השלווה הפנימית העמוקה, ואותו מחבל הוא בדיוק ההפך מזה", אומר אחיו אלקנה.
כשהחליט לביא לעזוב את פלוגת המילואים שבה שירת ולעבור לחטיבת בנימין, הוא כתב מכתב פרידה לחבריו. "זה כמה שנים, מאז נולד ילדנו השישי, הנני במעמד מתנדב - כאשר המתנדבת האמיתית היא אשתי שבעורף, שהעמיסה על כתפיה לבדה את כל שגרת חיי הבית בימי היעדרותי ('הבעל יוצא לאימונים, האישה יוצאת לקרב')
בהלווייתו ספד רבו של לביא, הרב שלמה אבינר, ראש ישיבת "עטרת כוהנים": "במוצאי שבת נרצחו אנשים טובים שהלכו ברחוב לתומם - אחד מהם הוא הרב נחמיה לביא. אדם עדין נפש, רך וטוב, שמעולם לא עשה רעה לאף אדם - לא יהודי ולא ערבי. על הרב נוכל לומר בביטחון מוחלט: לא יוכל לבוא אדם ולספר עליו דבר רע. הוא היה אדם מורם מעם, חמוש במידות טובות, כולו חסד - ומעולם לא אמר דבר רע על אדם".
לאחר השחרור חזר לישיבה ושם הכיר את נטע, שנולדה במושב מעגלים שליד נתיבות. כעבור שנה הם עברו לעיר העתיקה. הם גרו בחלל אחד, שתפקד כסלון וכמטבח במשך היום, ובלילה היו מותחים וילון, פותחים את הספה ומניחים מזרנים לילדים. הם לא הרחיבו את ביתם עד שהיו להם ארבעה ילדים.