"לכולם יש מקום בצה''ל, ללא קשר לרקע שלהם, להשקפת עולמם או לנטיותיהם האישיות. מחאתי הייתה מכוונת רק לניסיון לגרור את צה''ל למלחמת הדעות המתחוללת בחברה ביחס לשורה של נושאים, ביניהם גם היחס למבנה המשפחה בעם ישראל. בסוגיה זו תהום פעורה בין השקפת העולם הליברלית לבין ההולכים בדרכה של תורת ישראל. טענתי ואני עדיין טוען כי מקומו של המאבק בין השקפות אלו הוא החברה האזרחית, ולא בתוך תוכו של הצבא היקר לכולנו", כתב הרב לוינשטיין.
עוד נכתב: "אני מאמין שצריך להכניס לחינוך בצה''ל את המחבר ולא את המפריד בין חלקי החברה הישראלית. הביקורת שהשמעתי לא ביטאה אובדן אמון אלא נבעה מלב אוהב וכואב. לפעמים דווקא מתוך אכפתיות ושייכות נמתחת ביקורת חריפה. הקדשתי את כל חיי לחיזוק הצבא, מתוך אמון ודו –שיח. זו הדרך שאני מאמין בה, וברוחה אני ממשיך לחנך את תלמידיי".
ביקורת קשה נמתחה על דבריו והרב בני לאו פרסם דרישה להתנצלות גורפת ובקשה שהרב לא יחזור על דברים מעין אלה משום שהם עלולים להוביל הומואים דתיים לכדי נטילת חייהם, כפי שהוא מתאר שקרה לאחר שהרב לוינשטיין נאם מול תיכון ירושלמי ונקט בנימה דומה. נאומו של הרב הופסק על-ידי מנהל המוסד החינוכי, שהודיע לו שהוא אורח בבית ספרו, ושדברים כאלו אינם ראויים להישמע בו. בקהל נכח תלמיד הומוסקסואל שרצה להתאבד לאחר ששמע את לוינשטיין, וניצל בזכות התערבות חבריו.
מנגד, פורסם מכתב תמיכה בלוינשטיין, שעליו חתומים לא פחות מ־300 רבנים מרכזיים בציונות הדתית. "לנוכח הדיון הציבורי שהתעורר לאחרונה סביב אמירות של הגאון הרב יעקב אריאל, הרב יגאל לוינשטין ורבנים נוספים, ברצוננו להביע תמיכה בכל רב שמביע את דעתו ההלכתית והמוסרית הנאמנה לתורה ולחז"ל ללא משוא פנים וללא התנצלות", כתבו הרבנים במכתבם. עוד הוסיפו חותמי המכתב כי הם כואבים את כאבם של כל מי שאינו יכול להקים בית בישראל, אך "עם כל הכאב על צערם של אנשים פרטיים, יחד עם הרצון להקל ולסייע לכל מי שניתן לסייע לו, כאשר אנו נדרשים לבירור עקרוני, אין מקום למתן לגיטימציה לתופעות ולהתנהגויות הבאות להעלות על נס אורח חיים המנוגד למוסר האנושי ולדרכה של תורה".
התרעות פיקוד העורף