"ערב המבצע היו המנהרות ההתקפיות עבור רוב מפקדי הכוחות המתמרנים בחזקת נעלם", נכתב בסיכום התחקיר הצה"לי. "הייתה הכרה של האיום, אך עוצמתו וממדיו לא נתפסו". על הלחימה מול ארגון החמאס, לחימה שאינה קשורה באופן ישיר למנהרות הטרור, קבעה הוועדה הצבאית כי "מערכי הפיקוד והשליטה של האויב והמערך הרקטי שלו פעלו ברצף עד ליום האחרון. מספר הנפגעים בעיקר בקרב חמאס היה נמוך ביחס לעוצמת האש שהופעלה". מדובר בדברי ביקורת חריפים מצד הוועדה, שקובעת שצה"ל לא נערך היטב ללחימה מול החמאס ועוצמתו לא הייתה מספיק חזקה.
הדו"ח מציג תמונת מצב מביכה של צבא שלא היה מוכן לעימות עוצמתי וארוך, שכלל ירי רקטי לאורך כל ימי המבצע, כולל ירי בזמן הפסקות אש, ומבקר את התכנון המבצעי של מבצע צוק איתן, שהיה לדברי הוועדה לקוי כיוון שהכוחות המתמרנים יצאו למשימה לא מוכרת שחרגה מתכנון אופרטיבי מקורי.
בצה"ל הוחלט על הקמת ועדה בתוך המטה הכללי, שתרכז את נושא ההתמודדות עם מנהרות הטרור, אולם התחקיר קובע כי הוועדה נכשלה באופן הביצוע: "הבקרה על היישום התמסמסה לחלוטין", נקבע. "למעשה, לא גובשה תפיסה מטכ"לית ונותרה טיוטה בלבד ללא תוקף מחייב. בהיעדר תפיסה ותורות לחימה, ההשלכות על מידת מוכנות הצבא הייתה לא פחות מאשר קריטית". בשורה התחתונה קובעת הוועדה כי "סדר חשיבות נמוך של בכירים בצה"ל, חוסר משאבים ובירוקרטיה, והבנה לקויה שלך האיום בצה"ל עלו כבעיות מרכזיות".
מדובר צה"ל נמסר בתגובה: "מיד לאחר מערכת צוק איתן, מינה הרמטכ״ל דאז רא״ל (מיל׳) בנימין (בני) גנץ, ועדה בראשות אלוף יוסי בכר, לצורך תחקור מערכת ההכנה וההתמודדות של צה״ל עם איום המנהרות. כלל לקחי הוועדה הובאו לידי ביטוי בתוכניות העבודה של צה"ל בכלל ושל פיקוד דרום וזרוע היבשה בפרט. עד כה, מומשו מרבית הלקחים ביניהם הגדלת כמות היחידות שמוכשרות להתמודד עם התווך התת קרקעי, הקמת תשתיות להכשרה ואימונים ותיקוף תורת הלחימה הצה"לית בתחום. נושא ההתמודדות עם התווך התת קרקעי נמצא כיום בראש סדר העדיפויות הצה"לי ומושקעים מאמצים רבים הן בבניין הכוח, הן בתכניות המבצעיות והן בפעולות בשטח כדי לספק מענה מיטבי לאיום".
התרעות פיקוד העורף