ההכנות למבצע החלו לקבל תאוצה. באגפי התכנון והמבצעים של צה"ל שקדו על תכנון דרכי פעולה אפשריות. במקביל הורה הרמטכ"ל לצה"ל להגביר את כשירותו לקראת האפשרות שבקיץ תהיה הידרדרות בחזית סוריה. כדי שלא לחשוף את ההכנות למבצע, אשכנזי ושותפי הסוד המועטים במטכ"ל הפיצו סיפור כיסוי לכל צה"ל, שאמור להסביר מדוע מאיצים את מוכנות הצבא לעימות אפשרי בצפון.
הוכנו כמה חלופות לפעולה צבאית. במקביל התחזק השיח בין מערכת הביטחון לדרג המדיני. "במרץ הגיע אלי לפגישה אישית מאיר דגן", אומר ל"מעריב המגזין" מי שהיה אז שר הביטחון עמיר פרץ. "מאיר אמר לי: 'באתי להציג בפניך עניין מאוד סודי'. הוא הראה לי חומרים ותמונות של מבנה שנראה כמו חווה חקלאית. בשדות סביב היו גידולים חקלאיים, אך בתוך המבנה נראו צפון־קוריאנים. הוא סיפר לי איך הושגו התמונות. בעצם מה שהוא אמר לי זה שמתחת לאף שלנו צמח כור גרעיני. ומאיר אמר לי עוד משפט שמהדהד עד היום בראשי: 'יש להיערך ולהשמיד אותו'".
גייטס, שנועדה לו בהמשך היום פגישה עם שרת החוץ ציפי לבני, התבקש שלא לשתפה במידע. זה היה מצב מביך, וכעבור כמה ימים אמר ראש הממשלה לשר הביטחון שלו: "זה לא עניין לשנינו", והחליט לחלוק את המידע עם כל שאר חברי הקבינט: ציפי לבני, אבי דיכטר, אלי ישי, בנימין בן אליעזר ורפי איתן.
בינתיים נקלעה מפלגת העבודה לעוד אחת ממערכות הבחירות שלה, ופרץ מצא את עצמו במצב לא פשוט. מצד אחד הוא מנהל דיונים חשאיים ביותר, ומצד שני נאלץ לקושש קולות בפריימריז, כשברקע הדברים מלחמת לבנון השנייה וועדת החקירה של וינוגרד.
פרץ חזר להיות חבר כנסת מן השורה. שעה לאחר שהתקיפה הסתיימה, טרח אולמרט, כמחווה של ידידות, לעדכנו. למחרת צלצל אליו גם ברק, שלדברי פרץ, אמר לו: "טביעות אצבעותיך ניכרות בכל מקום".
חצי הפרגון של ברק אינו מובן מאליו. דם רע שורר מאז השניים על רקע תקיפת הכור, ובעיקר בשל העובדה שברק אילץ את אולמרט להתפטר מתפקיד ראש הממשלה בגלל חקירות המשטרה נגדו, שהובילו בסופו של דבר להרשעתו ולשילוחו למאסר.
מאותה ישיבה היה ברור כי אולמרט דוחה את עמדת ברק, מקבל את עמדת אשכנזי וצה"ל ומעניק להם אור ירוק להגביר את ההכנות למבצע. חיל האוויר מתרגל את הפעולה על מודלים, אף שהטייסים שמשתתפים באימונים ובהכנות אינם יודעים מה המשימה, היכן ומתי. "מהתרגולים הבנו שמדובר במשהו גדול וחשוב", מדגיש אל"מ ת', אחד הטייסים שהשתתפו במבצע. "אך לא היו לנו שום פרטים".
"כשאמרו לנו לנוח", מדגיש אל"מ ת', "הבנו שהרגע שאליו התאמנו מתקרב, אך עדיין לא מסרו לנו פרטים נוספים".
בתחילה השמיעו ראש המוסד דגן וראש אמ"ן ידלין את הערכותיהם לגבי הסיכויים שהתקיפה תביא למלחמה כוללת. דגן העריך את סיכויי המלחמה
חודשים לאחר מכן, על סמך המידע, ובתיאום עם ישראל, דיווח ראש הסי־איי־אי, מייקל היידן, לחברי ועדת המודיעין של הקונגרס על התקיפה, והציג מצגת שכללה את החומרים שסיפקה ישראל. המצגת, כצפוי וכפי שהיה ברור ואולי גם תוכנן, דלפה לתקשורת בארצות הברית ומשם לכל העולם. ישראל המשיכה לשמור על המדיניות הנבונה של העמימות בנושא זה: לא להכחיש אך גם לא לאשר. לא עוד.