"לפיכך, בעיצומו של חג הפסח יצא צה"ל, על פי החלטת ממשלת ישראל, למבצע 'חומת מגן', מבצע שתכליתו לפגוע בתשתית הרור, כדי להגן על אזרחי ישראל", כתב עוד מופז, והדגיש בהמשך: "מלחמתנו אינה נגד העם הפלסטיני. אנו נלחמים בטרור ובמבצעיו". בסיום חתם: "דעו כי אנו יוצאים למבצע זה על מנת להגן על הבית, על זכותנו ועל זכותם של הורינו, אחינו וילדינו לחיות בארץ בשלום ובבטחה".
מהלך המבצע
כאמור, המבצע החל בליבו של חג הפסח, יום אחרי הפיגוע הרצחני במלון פארק בנתניה, במהלך ליל הסדר, פיגוע שגרם למותם של 30 אזרחים ישראלים. חמש אוגדות צה"ל נפרסו באזורים שונים של הרשות הפלסטינית, במטרה לפגוע בתשתיות טרור ובתאים חמושים של ארגוני אש"ף, פת"ח, חמאס, ג'יהאד איסלאמי וגדודי חללי אל-אקצא.
בביתוניא הוטל מצור נוסף, שם, בניסיון לתפוס את המחבל ג'יבריל רג'וב, שחלש על כוח צבאי של כ-4,000 חמושים, נאלצו הכוחות הפלסטינים להיכנע, ודחפורים של צה"ל הרסו את המפקדה. כיום רג'וב מתפקד כראש זרוע הביטחון של הרשות הפלסטינית וכיו"ר התאחדות הכדורגל שלה.
קרבות נוספים החלו גם בשכם, ובג'נין, שם הוטל מצור על מחנה הפליטים ששרץ תאי טרור, בתים ממולכדים וכמויות בלתי נתפסות של נשק ואמל"ח פלסטיני שכוון אל עבר הכוחות הישראלים המתמרנים. בשל האיסור לכניסת אמצעי תקשורת לאזור מחנה הפליטים, הפלסטינים החלו להפיץ הודעות כוזבות על ביצוע טבח בתושבי העיר, ונקבו במספרים אסטרונומיים של 3,000 אזרחים הרוגים. כמו כן, שר החוץ הפלסטיני דאז, יאסר עבד רבו, טען כי כוחות צה"ל אף חופרים קברי אחים לפלסטינים.
הקרב על שכם התאפיין בקרבות הקשים על כיבוש הקסבה, השוק, הרובע המרכזי של העיר, אליו נמלטו ובו הסתתרו מרבית המחבלים מרגע כניסתו של צה"ל לשטחי הגדה. הקרב שארך שלושה ימים ובו השתתפו שלוש חטיבות חי"ר משוריין, הוביל בסופו של דבר לטיהורה של העיר ממעבדות נפץ, מחסני אמל"ח ופעילות חבלנית עוינת, וכן בשלושת מחנות הפליטים העוינים הנמצאות בסביבות העיר שכם - עסכר, מסכאן א-שאבייה ובלאטה.
שאר הערים המרכזיות ששימשו כמרכזי שלטון של הטרור הפלסטיני, ביניהן בית לחם, חברון, טול כרם, קלקיליה ויריחו הותקפו ונכבשו גם הן על ידי כוחות צה"ל, וטוהרו מתשתיות עוינות.
"תחושה אמיתית של עוצמת ישראל": תוצאות המבצע
לאחר כחודשיים של לחימה, באמצע חודש מאי 2002, נשלם המבצע. ברחוב הישראלי הורגשה בלימה בכמות הפיגועים, ואווירת הטרור הכללית הושהתה לזמן מה. ב-2003 נרשמה ירידה של עשרות אחוזים בכמויות פיגועי ההתאבדות בישראל, אך עדיין נשמעה ביקורת מסוימת על האפשרות הצבאית ללא הסדר מדיני ארוך טווח עם הפלסטינים.
לצד זאת, צה"ל השיג הישג צבאי מרשים ביותר מבחינת כוח ההרתעה המהדהד שהוא יצר על הפלסטינים. כך לדוגמה כתב פרשן מעריב לשעבר, עפר שלח, במוסף שבת של מעריב בדצמבר 2008, כ-6 שנים לאחר סיום המבצע: "אחרי 'חומת מגן' אמרו אנשי תנזים לחוקריהם מהשב"כ, שעד שלא נתקלו בחיילי צה"ל פנים אל פנים לא הייתה להם תחושה אמיתית של עוצמת ישראל. הפצצות ממטוסים נתפסו בעיניהם לא רק כהוכחה שהישראלים חוששים להילחם, אלא גם כלגיטימציה לפיגועי התאבדות - אתם פוגעים בנו בכלים שאין לנו מה לעשות נגדם, גם אנחנו נשתמש בכאלה".
העיתונאי רביב דרוקר ואחרים, בניגוד לעמדה זו שייצג שלח, תלו את מירב האחריות על הפסקת פיגועי ההתאבדות בהקמת גדר ההפרדה, פרויקט נוסף של ממשלת שרון, שהומשך לימים על ידי ראשי הממשלות אולמרט ונתניהו.
במהלך המבצע נהרגו 30 חיילי ומפקדי צה"ל, ונפצעו 127 בדרגות שונות. בצד הפלסטיני הדיווחים אינם חד-משמעיים, אך ההערכה הכוללת היא כי נהרגו כ-500 בני אדם, בהם מחבלים ואזרחים.
התרעות פיקוד העורף