אחרי האמירה הקיצונית הזו הרב הרגיע את התלמידים שלא יחששו ממעשה כזה: לא לפחד, אמר להם, הקדוש ברוך איתכם. תזכורת: הדברים נאמרים כשצה"ל מתמודד עם מחסור חמור באלפי חיילים. עשרות אלפי חיילים נמצאים בלחימה כבר תקופה ממושכת, אלפי אנשי מילואים זועקים שחיי המשפחה שלהם נהרסים, שמצבם הכלכלי מידרדר וכך גם מצבם הנפשי - ולרב יצחק יוסף זה לא מזיז שערה בזקן. השם יתברך, על פי דבריו, תומך בו. הוא דואג וידאג למשתמטים.
השבוע דיבר על בחורי הישיבה העריקים שנעצרו וטען כי רובם בני עדות המזרח. "מסכנים הבחורים. עוצרים בעיקר ספרדים, יודעים שההורים חלשים, מה זה פה, רוסיה? יש פה שלטון קומוניסטי?". הוא פנה לבחורים ואמר להם: "אל תפתחו את הדלת, שימו לב בעינית ואל תפתחו את הדלת".
בשנת 2018, במהלך שיעור תורה ששודר לציבור, השווה הרב יוסף בין שימוש במונח "כושי" לבין קוף. "לא כל כושי מברכים", אמר. "צריך שיהיה כושי שאבא שלו ואמא שלו לבנים... אם אתה יודע, יצא להם בן קוף, יצא להם בן ככה". הדברים הובילו לגל של ביקורת חריפה, לא רק מהחברה הישראלית אלא גם מהקהילה הבינלאומית. בתקשורת הישראלית והזרה התפרסמו ידיעות על הדברים, והם כונו לא אחת גזעניים ומבזים.
אמירות נוספות שזכו לביקורת: בשנת 2020 כינה עולים מחבר העמים "גויים גמורים, קומוניסטים ושונאי דת". בהזדמנות אחרת טען כי אדם האוכל מזון לא כשר - מוחו נעשה "מטומטם". אמירות אלה הובילו לתגובות נזעמות מצד נציגי ציבור חילונים וארגונים של עולים חדשים, שטענו כי מדובר בהכללה פוגענית ובזלזול באוכלוסיות רחבות במדינת ישראל.
בשנת 2025, על רקע הדיונים סביב גיוס החרדים לצה"ל, הצהיר הרב יוסף: "אם יכריחו אותנו ללכת לצבא - ניסע כולנו לחוץ לארץ. אין שום זכות קיום להישאר בארץ אם אין לנו תורה". אמירה זו גררה ביקורת ציבורית חריפה, שנתפסה כהתרסה כלפי מוסדות המדינה ואף חוסר הזדהות עם הגורל המשותף של אזרחי ישראל. מאוחר יותר הדגיש כי דבריו נסמכים על פסיקות הלכתיות עתיקות, וכי הכוונה היא כלפי תלמידי ישיבה הלומדים באמת, ולא מי שמתחזה לכך.
גם בהקשרים ביטחוניים נרשמו אמירות שנויות במחלוקת. לאחר סבבי ירי טילים על ישראל טען הרב יוסף כי עם ישראל ניצל לא בזכות צה"ל, אלא בזכות בחורי הישיבות הלומדים תורה. הדברים עוררו סערה, בייחוד בקרב משפחות שכולות ולוחמים, שטענו כי יש כאן פגיעה במי שמסכנים את חייהם יום־יום.
בעקבות דברי הרב העלו הרבה אנשים את השאלה: האם אמירות אלה נחשבות עבירה פלילית? התשובה היא שחופש הביטוי בישראל רחב, גם למנהיגים רוחניים. עם זאת, מאחר שהרב הראשי הוא עובד מדינה בכיר ומכהן כדיין, הוא כפוף לכללי אתיקה ומשמעת.
בשנת 2018 פורסם כי משרד המשפטים בחן פתיחה של הליך משמעתי נגד הרב יוסף בשל התבטאויותיו כלפי קבוצות באוכלוסייה. בסופו של דבר לא ננקטו צעדים ממשיים, בין היתר משום שכהונתו קצובה לעשר שנים ומעמדו ייחודי. הליך משמעתי, חשוב להדגיש, אינו משפט פלילי. מדובר בבירור פנימי במערכת הציבורית, שיכול להוביל לנזיפה, הערה או צעדים מנהליים.
העובדה שמשרד המשפטים שקל להפעיל מנגנון כזה נגד הרב הראשי מלמדת על חומרת ההתבטאויות בעיני המדינה. כל מי שבקיא ברזי הפוליטיקה הישראלית ובקומבינות ובתככים הקשורים אליה, מבין שהשיקולים הקואליציוניים מונעים משר המשפטים, מהשר לביטחון לאומי ומראש הממשלה להגיב בחריפות על דברי הבלע וההמרדה כנגד מוסדות המדינה שפולט הרב הבכיר.
מעבר לסוגיית ההתבטאויות, נושא נוסף שעורר עניין ציבורי הוא גובה שכרו בעת שהיה הרב הראשי. על פי נתוני משרד האוצר ופרסומים בעיתונות הכלכלית, שכרו של הרב יצחק יוסף היה כ־55 אלף שקלים בחודש, מכספי משלמי המיסים בארץ. מדובר בשכר שגבוה יותר משכר של חבר כנסת, שעומד על 47.5 אלף שקל. בנוסף לשכרו הגבוה, מימנה המדינה את הרכב של הרב, את שכר הנהג וגם את עלויות הלשכה במשך כל זמן כהונתו.
כהונתו של הרב יצחק יוסף שיקפה את המתח המובנה שבין ממלכתיות לבין זהות דתית־מגזרית. מצד אחד, הוא היה מנהיג רוחני הנושא תפקיד ממלכתי מהמעלה הראשונה, ומצופה ממנו לייצג את כלל אזרחי המדינה. מצד שני, סגנונו הישיר והבוטה, המושרש במסורת הדרשנות החרדית, מוביל שוב ושוב לסערות תקשורתיות.
בעוד תומכיו טוענים כי הוא מבטא את האמת התורנית בלי חשבון, מבקריו סבורים שהוא פוגע במרקם החברתי, מסית נגד קבוצות אוכלוסייה ומערער את אמון הציבור במוסדות המדינה. כך או כך, נראה כי כל עוד יישאר במוקד השיח הציבורי, הרב יוסף ימשיך לעורר עניין, ובעיקר מחלוקת. מעניין אם בגין האמירות שלו היו אביו מרן עובדיה יוסף זצ"ל מפליק לו את הכאפה הידועה שלו על הפנים.