תקיפת בכירי חמאס בדוחה טלטלה את הזירה המדינית לא פחות מאשר את שורות הארגון, בשל ההשלכות המיידיות על המשא ומתן לשחרור החטופים, שהפך בן רגע בלתי אפשרי כמעט. במערכת הביטחון הישראלית התנהל ויכוח חריף סביב העיתוי. לפי גורמים שנכחו בדיונים, בעוד שממלא מקום ראש השב"כ הביע תמיכה במהלך, ראשי מערכת הביטחון האחרים ובהם הרמטכ"ל ובכירים במשרד הביטחון ובמל"ל התריעו מפני פגיעה בסיכויים להגיע לעסקה. באותה עת כבר הוצג מתווה נשיא ארצות הברית לישראל ולחמאס, מתווה שכלל שחרור מדורג של חטופים והפסקת הלחימה, וכן צעדים משמעותיים נוספים מצד ישראל.
מנקודת המבט של חמאס, לא היה מדובר רק באקט צבאי, אלא גם באמירה פוליטית שלפיה ישראל אינה מחפשת עסקה, אלא הכרעה צבאית. אצל משפחות החטופים בישראל, שנאחזות בכל שביב תקווה, האירוע נתפס כסטירת לחי דווקא ברגע שבו נראה היה שנפתח פתח להסכמה.
השאלה המרכזית היא אם ההחלטה על ניסיון החיסול נבעה משיקול ביטחוני נטו, או מאג’נדה פוליטית. מתנגדיו של נתניהו טוענים כי החיסול לא נועד רק לפגוע בחמאס, אלא גם לשתק את המסלול המדיני ולהבטיח שהמלחמה תימשך. יריביו של ראש הממשלה סבורים שהוא זקוק למלחמה כדי לשרוד פוליטית, ושעסקה שתביא לשחרור החטופים ולהפסקת אש תחייב בחירות מוקדמות, דבר שנתניהו אינו מעוניין בו.
התרעות פיקוד העורף