ואולם, אלו גם אלו מפספסים את הדיון העיקרי והחשוב ביותר בסוגיית תפקיד היועץ המשפטי לממשלה. דיון זה אין הוא ראוי שיעסוק בזהות האדם שמכהן בתפקיד, אלא במהות התפקיד. היועץ המשפטי לממשלה, כידוע, מתפקד כעורך דינה של הממשלה וכממונה על הייעוץ החוקתי לממשל כולו, על אגפיו המינהליים. הוא אמור לייצג את המדינה לפני בתי המשפט בתיקים אזרחיים. אלא שבו בזמן, היועץ המשפטי מכהן גם על תקן ראש התביעה הכללית, שאחראית על ניהולם של הליכי חקירה פלילית ואכיפת המשפט הפלילי נגד אותם אנשים שהוא אמור להגן עליהם ולייעץ להם – נבחרי ציבור ופקידי ממשל. כך נוצר מצב שהיועץ המשפטי, שלרוב אינו מומחה במשפט פלילי, הוא זה שלמעשה אחראי על פרקליט המדינה ויכול לבטל את החלטתו. מדובר אפוא במצב חריג לכל הדעות, גם בהשוואה לרוב המדינות הדמוקרטיות בעולם. אחד מעקרונותיה החשובים והבסיסיים ביותר של הדמוקרטיה הוא עקרון הפרדת הרשויות. הוא מצדיק הלכה למעשה את הפיצול המוסדי, שתכליתו לצמצם סמכויות רחבות מדי של רשות אחת (הייעוץ המשפטי) והגברת העצמאות והעוצמה המוסדית של האחרת (התביעה הכללית).
עקרון הפרדת הרשויות מוצדק שבעתיים במדינה כמו ישראל, שבה מצד אחד אין פיצול מוסדי ומצד אחר חסרה חוקה כתובה. אחת הבעיות הדומיננטיות בהקשר זה היא בכך שהיועץ המשפטי לכנסת כפוף, למעשה, ליועץ המשפטי לממשלה, ושהאחרון מתפקד כיועץ החוקתי של מבקר המדינה - למרות הצורך הברור בהפרדת רשויות. במצב עניינים זה נוצר ריכוז סמכויות רב מדי בידי היועץ המשפטי, ומתקבלת תמונה מסוכנת וחריגה.
ההיגיון העומד מאחורי הפיצול המוסדי במדינת ישראל נוגע גם ברמת המקצועיות והיעילות של שני התפקידים הבכירים במערכת המשפט הישראלית. כך למשל ריכוז סמכויות מינהליות וחוקתיות - כמו גם סמכויות בתחום הפלילי ובתחום המשפט הבינלאומי - בידיו של מוסד אחד יוצר נטל סמכויות ותפקידים עצום ובלתי נסבל על היועץ המשפטי בישראל. חלוקת סמכויות רחבה יותר תביא בהכרח לעבודה יעילה, מהירה ומקצועית יותר. היגיון נוסף בפיצול הוא למנוע מצב של ניגוד עניינים. שכן, מחד גיסא, היועץ המשפטי הוא עורך דינו של הפוליטיקאי, אך מאידך גיסא, אותו יועץ משפטי עלול לתפקד גם בתור החוקר והתובע בעניינה של האישיות הפוליטית המדוברת על סמך מידע שמסרה לו, מתוך הנחה שהוא - היועמ"ש - מייצגה נאמנה.
באוגוסט השנה פורסם כי שרת המשפטים איילת שקד שוקלת לפצל את תפקיד היועץ המשפטי לממשלה ולהחיל זאת כבר עם בחירת היועץ המשפטי לממשלה הבא. במכתב ששלחה ליושב ראש ועדת האיתור לבחירת המחליף ליועץ הנוכחי כתבה שקד כי “כל מועמד לתפקיד יצטרך לקחת בחשבון שייתכן שייאלץ לוותר על חלק ניכר מסמכויותיו”, ובכך החלה להכין את הקרקע לקראת רפורמה חשובה והכרחית.
נותר לקוות אפוא כי שקד תתמיד בדרישתה ותיקח על עצמה את השינוי המיוחל לבצע את הרפורמה הנדרשת במערכת המשפט. הפרדת הכוחות בין התביעה הכללית והיועץ המשפטי היא תהליך הכרחי ומתבקש במדינה דמוקרטית מתוקנת.