הדוח - או ליתר דיוק התחקיר הפנימי של צה”ל שחיבר אלוף יוסי בכר, מפקד הגיס המטכ”לי - קובע כי למעט יחידות ייעודיות (כמו חיל הנדסה וסיירת מטכ”ל) שאומנו במיוחד למשימת איתור המנהרות והריסתן, אומנם מרבית הכוחות שהוטלו למערכה ידעו על המנהרות, אך שיטת הנטרול שלהן תוך כדי מלחמה לא היו ברמה הנדרשת. התחקיר אומר עוד כי שיטת הפעולה של הצבא לטיפול במנהרות לא נעשתה בהתאם לתוכנית אופרטיבית מסודרת. תוכנית כזו למעשה לא הייתה קיימת ולכן גדודים ופלוגות שהתאמנו לקראת מבצע צבאי לא יכלו להתבסס עליה.
בקיצור, נטרול המנהרות ההתקפיות שהובילו לעבר שטח ישראל (31 במספר) במהלך המלחמה נעשה תוך כדי אלתורים ולא על פי משנה סדורה.
עם זאת, ראוי להדגיש כי התחקיר לא שולל את הטענה שלצה”ל היה מידע מודיעיני על קיום המנהרות ואף הערכה די מדויקת על מספרן. במילים אחרות, התחקיר של בכר עוסק בצד הטקטי־מבצעי של הטיפול במנהרות ולא המודיעיני־מדיני־אסטרטגי.
בנושא זה מטפל דוח מבקר המדינה, שאמור להתפרסם במועד לא ידוע. מהדלפת הטיוטה שלו עולה כי לכאורה הדרג המדיני, בראשות נתניהו, לא התייחס ברצינות הראויה לאיום המנהרות, כפי שטענו בעבר השרים נפתלי בנט ואביגדור ליברמן. נתניהו ויעלון כופרים בטענה זו ובתגובות שהעבירו למבקר הם מציינים את הישיבות הרבות יחסית של הקבינט שכונסו לשם דיון בנושא ואת ההנחיות שהוציאו לצה”ל להיערך בהתאם.
בצה”ל ביקשו להדגיש אתמול כי מדובר בדוח ישן, שסוכם והוגש לרמטכ”ל לפני יותר משנה וחצי. מקור צבאי גם ציין כי הפרסום אתמול בגלי צה”ל הפתיע אותם, אך לא יכלו לומר אם הרמטכ”ל יורה על חקירת ההדלפה. אין ספק כי הפרסום משרת היטב את רב־אלוף גדי איזנקוט. הדוח למעשה מטיל את האחריות לתקלות על בני גנץ ומעצים את מעמדו של איזנקוט, שבתקופתו הגביר צה”ל את הטיפול המודיעיני־טכנולוגי ומבצעי באיום המנהרות. איזנקוט ושר הביטחון אביגדור ליברמן כבר הבהירו בכמה הזדמנויות כי איום המנהרות הוא האתגר והיעד החשוב ביותר של צה”ל ומערכת הביטחון לשנה הקרובה. הפרסום גם מחזק את נתניהו ויעלון, שיוכלו כקו הגנה אחרון להשתמש בדוח בכר ולומר: לא אנחנו אשמים אלא הרמטכ”ל.