שלוש ערי מקלט היו בעבר הירדן, שם התיישבו שניים וחצי משבטי ישראל, ושלוש בארץ ישראל. אליהן נוספו 42 ערים שניתנו ללוויים שלא היו שותפים בחלוקת הארץ לשבטים, ואף הן שימשו ערי מקלט. על הרוצח בשגגה הוטל לשבת בהן עד מות הכהן הגדול של אותה עת. וכך מסביר הפרשן שד”ל (שמואל דוד לוצאטו): “והנה בדורות הראשונים, בטרם היות העמים מסודרים תחת מלך ושרים ושופטים ושוטרים, הייתה כל משפחה נוקמת נקמתה ממשפחה אחרת, והקרוב ביותר אל הנהרג היה חייב לנקום מיתתו. והתורה העמידה שופטים ושוטרים ונטלה את הנקמה מיד היחידים ומסרה אותה לכל העדה. והנה, כשהייתה הרציחה בזדון, ייתכן להשקיט את הגואל, כי יאמרו לו: הנח להם לשופטים, הם יחקרו בדבר ואם בן מוות הוא ימיתוהו. אבל כשהייתה ההריגה בשוגג, לא היה אפשר להשקיט את הגואל ולהכריחו לראות את מי שהרג את אביו או את אחיו נשאר בלא עונש... מה עשתה התורה? הניחה זכות לגואל לנקום מיתת קרובו, אבל קבעה מקום מקלט לנוס שמה הרוצח ולא יוכל הגואל לבוא שמה ולהרגו”. אכן, “הראש היהודי ממציא לנו פטנטים”.