בסופו של דבר זכה חמאס ב־75 מושבים, בעוד פת"ח זכה ב־45, ובמושבים הנותרים זכו הפלגים הקטנים יותר או מועמדים עצמאים. זו הייתה אחת התבוסות הקשות ביותר שידעה תנועת פת"ח במאבק על הבכורה בזירה הפלסטינית. היו לכך לא מעט סיבות, אך פני הדברים היו ברורים: חמאס היה זה שאמור להרכיב את הממשלה הבאה בראשות איסמעיל הנייה ולתפוס פיקוד על מדיניות הפנים ברשות, בעוד הנשיא אבו מאזן שנבחר שנה לפני כן, אמור היה להיות אחראי על מדיניות החוץ ועל רוב מנגנוני הביטחון.
אחת הסיבות המרכזיות לכישלון של פת"ח הייתה הפיצול העמוק בתוך התנועה, הסכסוכים והתחרות הפנימית. גם השאננות בפת"ח הייתה בשיאה, בעוד חמאס פעל בשקט ובנחישות כדי לכבוש את הגדה ועזה. אולם ללא קשר לפיצולים הפנימיים בפת"ח, לאחר שנודעו תוצאות הבחירות, התברר שעבאס ופת"ח אינם ממהרים לוותר על הבכורה.
למעשה, אנשיו של אבו מאזן ברצועת עזה, בראשות שנוא נפשו בימים אלה מוחמד דחלאן, ניסו להצר את סמכויות חמאס בכל דרך אפשרית. החיכוך בין שתי התנועות הלך וגבר והוביל לשורה של עימותים מזוינים ואלימים, ששיאם הגיע ב־12 ביוני 2007 בהפיכה שביצע חמאס בעזה תוך הוצאה להורג של כ־160 אנשי פת"ח. ומאז ועד היום נותרו שני המחנות נפרדים, מפוצלים ומסוכסכים. פת"ח שולט בשטחי הרשות בגדה, וחמאס שולט בעזה. שתי מערכות נפרדות כמעט לחלוטין מנהלות את שתי הטריטוריות הללו, אף על פי שיש תלות מסוימת של עזה בממשלת הגדה. העוינות והאיבה נותרו בעינן, ושום ניסיון לפשר בין הצדדים לא צלח.
התרעות פיקוד העורף