גורמים בישראל הבהירו כי הקו הכללי במשבר יהיה "נוהגים בנימוס, אך בלי התרפסות. אם הסוכנות היהודית תיסגר, ישראל תדע להביא את העולים בדרכים אחרות". עוד מדגישים הגורמים כי "ישראל, כמובן, לא מעוניינת בהידרדרות היחסים עם רוסיה ותעשה כל מאמץ להימנע מזה. עם זאת, חשוב להבין כי ישראל הביעה עמדה ערכית בנושא אוקראינה ולא תחזור בה".
ברקע משבר הסוכנות עלו טענות בשם גורמים אלמוניים, כי הסוכנות היהודית לא דיווחה בזמן אמת על הבדיקות שנעשות ברוסיה, וכי בשל כך, לכאורה, העניין התפוצץ בשלב מתקדם מאוד. בסוכנות השיבו כי בכירי הארגון עמדו באופן קבוע בקשר עם משרדי הממשלה, ובין היתר דיווחו גם על קיום בדיקות שאז נראו כשגרתיות. הבדיקות החלו לפני כשנתיים או שלוש, כשראש הסוכנות דאז, נשיא המדינה יצחק הרצוג, היה מעודכן וגם עדכן את הדרג המדיני.
בדיון אצל ראש הממשלה יאיר לפיד שלשום, לא עלתה טענה שהסוכנות ידעה ולא דיווחה בזמן. עוד עלתה בדיון סוגיית ההתבטאויות של גורמים בישראל (כמו אמירתו של השר נחמן שי), ונאמר כי "הברברת אינה מוסיפה, אלא מזיקה". לשרים הועבר מסר ברור לא להתראיין בנושא ולצמצם עד אפס אמירות סביב משבר הסוכנות.
עם פרוץ המלחמה באוקראינה הרוסים האיצו את קצב הבדיקות. בישראל סברו שאולי מדובר בסוגיה שהיא לא משפטית בלבד, ועירבו את השגריר ואת משרד החוץ. בכל שלבי הבדיקה לא היה ברור מה הטענות כלפי הסוכנות ומה היקף הסוגיה. מניסיון העבר, כשנעשו בדיקות של ארגונים שונים, ברוב המקרים הן הסתיימו בהערה או בקנס.
מה שמקשה על הטיפול במשבר הוא חוסר הוודאות. שגריר ישראל ברוסיה אלכס בן צבי נפגש פעמיים עם סגן החוץ הרוסי מיכאיל בוגדנוב, וניסה להבין מה עומד מאחורי הסוגיה ומה הצד הרוסי מנסה להשיג. אולם בוגדנוב לא סיפק תשובות, פרט לאמירות קצרות וכלליות כי הוא "יבדוק את הנושא".
במכתב שכתב עו"ד אורי קידר, המייצג את חב"ד העולמית, ובו התראה לפני נקיטת הליכים משפטיים, מסבירים באגודת חסידי חב"ד כי "אוסף שניאורסון" הוא אוסף היסטורי של חסידות חב"ד העולמית הכולל כ־12 אלף ספרים וכתבים מקוריים, שנאספו בהדרגה ונשמרו מאז סוף המאה ה־18 ועד ימינו. בחב"ד דורשים מזה עשרות שנים מהשלטון במוסקבה להשיב את האוסף לחזקת מרכז חסידות חב"ד, הממוקם כיום בארה"ב.
התרעות פיקוד העורף