"אני מצדד במתן זכויות לערביי ישראל, שתמורתן עליהם לגלות נאמנות כלפי המדינה ומי שלא שלא יהיה מוכן להיות נאמן, שיקום ויעזוב", הוא אמר. "אני מאמין זה מכבר בדו-קיום ישראלי-ערבי. אינני רואה שום אפשרות ריאלית להפרדה בין יהודים לערבים. אף פעם לא הייתי קיצוני, אלא לכל היותר ניסחתי את עמדותיי בתקיפות ובנחישות. אם במישור הפרטי אני מוכן להתפשר, בפוליטיקה אין אצלי פשרות".
"אני לא מבין את העם בישראל כיצד הוא יושב בשקט כשעל הפרק הבטחה לדון בעוד שנתיים-שלוש על עתיד ירושלים. איזה עם בעולם היה ממשיך להבליג תוך כדי סיכון בירתו? זה דבר ללא תקדים בהיסטוריה".
בראיון ב-2006, לאחר ששרון הקים את מפלגת "קדימה", אליה איתן לא הצטרף , הוא אמר: "קדימה הלכה יותר מדי שמאלה מאשר הייתי מוכן, אבל תמכתי בתוכנית ההתנתקות. לדעתי, היא חיזקה את מדינת ישראל והצילה אותנו מתוכניות הרבה יותר גרועות. מנגד יש אכזבה. קרענו את עצמנו ואת העם, פינינו אנשים מבתיהם, הרסנו יישובים ומה קיבלנו כתמורה? קאסמים על אשקלון, שלא היו קודם לכן. המקומות שפינינו הפכו לבסיסי שיגור לקאסמים נגדנו והפלסטינים העלו לשלטון את החמאס כ'מחווה' למה שישראל עשתה".
כששאלתיו לאלה ויתורים הוא יהיה מוכן לתת את ידו, השיב: "כרגע לשום ויתורים. אין שום הצדקה שישראל תמשיך לוותר. יש לפעול לסילוקו של החמאס ולא לנהל איתו משא-ומתן, בטח לא לשלוח לו כסף. אם הם מנצלים את הרזרבות לרכישת נשק לשימוש נגדנו, אין להעביר אליהם ולו פרוטה אחת".
לאחר שכיו"ר ועדת חוק חוקה ומשפט איתן תמך בהעלאת אחוז החסימה מאחוז וחצי לשניים, הוא הביע תמיכה בהעלאת אחוז החסימה לחמישה אחוזים ו"המפלגות הקטנות יוכלו להתארגן במפלגות גדולות יותר".
כשנשאל אם זה יעלה את רמת חברי הכנסת, ענה: "את זה אי אפשר להבטיח, אבל יש לשער שלנבחרים בבחירות אזוריות תהיה מחויבות גדולה יותר לבוחרים שלהם".
כמי שכיהן שנה בלבד כשר המדע והטכנולוגיה, קיווה איתן לחזור ולהיות שר על מנת שיוכל לקדם את נושא החוקה בכנסת. אמר: "אם אוכל לקדם את זה מעמדות אחרות, זה יהיה מבחינתי בסדר גם אם לא אחזור להיות שר. העיקר זה לא התפקיד, אלא המעשה והיכולת להזיז דברים".
התרעות פיקוד העורף