הקמת מנגנון מסוג זה עלולה להוביל להשלכות חמורות על חיילי צה"ל ואזרחים ישראלים, כולל העמדתם לדין במדינות זרות ללא כל בקרה מצד מערכת המשפט הישראלית. מדובר במודל שכבר הופעל נגד משטרים דיקטטוריים כמו סוריה, איראן ומיאנמר, אך בניגוד למדינות אלה, מערכת המשפט בישראל מוגדרת כ"עצמאית ומתפקדת", ועל כן הקמת מנגנון חקירה בינלאומי עלול להוות עקיפת סמכויותיה.
המהלך הנוכחי הוא ניסיון ברור לעקוף את מנגנוני האו"ם הקיימים. בדצמבר האחרון נכשל ניסיון להעביר החלטה דומה בעצרת הכללית, וגם מזכ"ל האו"ם, בדו"ח האחרון שלו, לא המליץ על הקמת מנגנון כזה. היוזמה החדשה נועדה לעקוף את הכישלונות הללו וליצור מסלול עוקף שיאפשר לפתוח בחקירות פליליות נגד ישראלים ללא צורך בהכרעות נוספות במוסדות הבינלאומיים הרשמיים.
מלבד הפגיעה הישירה בישראל, מדובר גם בבזבוז משאבים משווע. כבר כיום פועלים מנגנונים כמו ועדת החקירה COI ובית הדין הפלילי הבינלאומי (ICC), ואין כל צורך בגוף חקירה נוסף שמטרתו להמשיך ולהתמקד בישראל. יתרה מכך, בשונה מהמנגנונים שהוקמו ביחס לסוריה ולמיאנמר, המנגנון החדש איננו מוגבל בזמן, והוא עלול לאפשר חקירות רטרואקטיביות שיחלו עוד מראשית הציונות, בכפוף לדיני ההתיישנות הבינלאומיים.
סכנה נוספת טמונה בכך שהמנגנון ישתף פעולה עם טריבונלים בינלאומיים כמו ה-ICC. בכך, גם מדינות שאינן מכירות בסמכותו של בית הדין הפלילי הבינלאומי יוכלו לתמוך במהלכים שיובילו להעמדה לדין של ישראלים, תוך עקיפת המגבלות המשפטיות הקיימות. ישראל פועלת בשעות אלו מול בירות מרכזיות באירופה ובמדינות נוספות כדי להסיר את הסעיפים המסוכנים מההחלטה הצפויה לעלות להצבעה בתחילת אפריל.
התרעות פיקוד העורף