ראש השב"כ רונן בר פנה לשופטי בג"ץ במכתב אשר צורף לעמדתה של היועצת המשפטית לממשלה לפיה יש לבטל את החלטת הממשלה לפטר אותו. במכתבו, בר קושר בין התפתחויות תחקיר שב"כ באשר לשבעה באוקטובר, עמדתו באשר לצורך בהקמת ועדת חקירה ממלכתית וכן עמדתו כי ניתן להמשיך בעדות נתניהו במסגרת המשפט הפלילי נגדו – לבין משבר האמון בינו לבין ראש הממשלה אשר הביא להחלטה לפטרו.
"במהלך חודש נובמבר 2024 דרש ממני ראש הממשלה, באופן חוזר ונשנה, לתת חוות דעת ביטחונית אשר תקבע למעשה כי הנסיבות הביטחוניות אינן מאפשרות את קיומה של עדותו הרציפה במשפטו הפלילי.", כתב בר לשופטים.
עוד כתב בר: "לאחר שניהלתי תהליך מול כלל הגורמים המקצועיים וגובשה מעטפת אבטחתית ראויה, הגעתי למסקנה כי אין מניעה ביטחונית לקיום העדות במתכונת שנקבעה, ובהמשך מתכונת זו הוצגה בפני בית המשפט ואושרה על ידו. עדכנתי בכך את ראש הממשלה. אי הסכמתי לקבל את דרישות ראש הממשלה בעניין זה, נתנה, לדעתי, את האות להעלאת הטענה לפיה שורר בינינו "חוסר אמון", כביכול".
בר הוסיף וכתב לשופטים כי ראש הממשלה נתניהו משחיר אותו ואת השב"כ בכל הקשור לחקירת פרשות קטארגייט והדלפת המסמכים המסווגים. במכתבו, טוען בר כי החקירה בפרשת קטארגייט החלה במחצית הראשונה של חודש פברואר, למרות שהיועמ"שית הודיעה כי היא מאשרת את החקירה רק בסוף אותו החודש. בנוסף, בר מציין כי נערכו 17 חקירות דומות לפרשת המסמכים המסווגים, בנוגע להדלפת מידע מסווג, וכי השב"כ לא הותקף - אלא בפרשה הקשורה לדוברו של נתניהו, אלי פלדשטיין. "ככל שבית המשפט ימצא לנכון, אבקש להציג את המידע הנוגע לעניין זה בפני בית המשפט בדלתיים סגורות ובמעמד צד אחד", כתב בר לשופטים.
בר הוסיף: "חשיבותו של ההליך שבפני בית המשפט חורגת בהרבה מהשאלה האישית בעניין המשך כהונתי. ההכרעה בהליך תשפיע באופן עמוק על השאלה - האם מערכת היחסים בין ראש הממשלה לראש השב"כ תהיה מבוססת על ציפייה לנאמנות אישית, או שהשירות יפעל "באורח ממלכתי", כאשר "לא תוטל על השירות משימה לשם קידום אינטרסים מפלגתיים-פוליטיים", כקבוע בחוק שירות הביטחון הכללי. כלומר על הפרק ניצבת יכולתם של ראשי השב"כ הבאים להוביל את הארגון ולממש את ייעודו, על פי העקרונות הקבועים בחוק וכן להביע עמדות מקצועיות ללא מורא".
עוד כתב בר כי להבנתו, "ביסוד הפסקת כהונתי עומדת ציפיית הדרג המדיני לנאמנות אישית של ראש שירות הביטחון הכללי לדרג המדיני הממונה עליו. כאשר הדרג המדיני הגיע למסקנה כי נאמנות מסוג זה אינה מתקיימת מצידי, החליטה הממשלה, ללא שהונחו בפניה נימוקים עניינים ותוך התעלמות מהכללים שבדין, לקדם את הפסקת כהונתי בחופזה, ומבלי שהפורום שנקבע בדין לצורך כך בחן את כלל הטענות".
בר תקף את החלטת הממשלה לפטרו, והזהיר את השופטים: "מתן תוקף משפטי למהלך מעין זה, לאור כל המפורט לעיל, עלול להיות הרה אסון לשירות הציבורי במדינת ישראל ולהביא לשינוי חד במושכלות יסוד ובנורמות ארוכות שנים, אשר עוצבו גם על ידי בית משפט נכבד זה. מניסיוני, יש לשמר את מעטפת הגנה שניתנה למשרתי הציבור הבכירים, שכן זה הוא תנאי הכרחי לקיום חובת האמון שלהם לציבור".
לשכת ראש הממשלה מסרה בתגובה: "חוסר-האמון בראש השב״כ שנוצר לראש הממשלה ולכל חברי הממשלה - בלי יוצא מן הכלל - לא נבע משאלת נאמנות אישית, אלא נבע מחוסר-האמון בתפקודו לאחר חלקו המכריע במחדל השבעה באוקטובר שבו בחר לא לעדכן את הדרג המדיני, ובשורת אירועים שערערו את האמון המקצועי בו לאחר מכן.
"היחיד שמונע ממניעים אישיים הוא ראש השב״כ שנאחז בקרנות המזבח ומתעקש להישאר בתפקידו לאחר שאיבד את אמון הממשלה כולה. הודעת ראש השב״כ נגועה בניגוד עניינים חריף, ובאופן לא מפתיע היא באה במקביל למכתבה של היועמ״שית - שגם היא נגועה בניגוד עניינים חריף. הודעה זו רצופה בשקרים, כגון הטענה שראש הממשלה ביקש מראש השב״כ להשתמש בסמכויות הארגון בצורה לא ראויה נגד אזרחי ישראל - דבר שמעולם לא היה.
"ראש הממשלה שוחח עם ראש השב״כ על הדרכים לאפשר את עדותו בבית המשפט לאור איומי הטילים על ישראל ועל ראש הממשלה בפרט. הדיון שהתקיים בנושא היה על מיקום העדות ולא על קיומה. ואכן, גורמי המקצוע בשב״כ קבעו שיש לקיים את הדיונים במרחב המוגן בבית המשפט המחוזי בתל-אביב ולא במקום אחר. וכך אכן מתקיימים הדיונים.