השופטת ברק-ארז פתחה בקביעה נחרצת: "מדינת ישראל היא מדינת חוק, ועל כן החובה לספק לכלל האסירים את תנאי הקיום הנדרשים על-פי חוק אינה שנויה במחלוקת, ואינה יכולה להיות שנויה במחלוקת. זהו ה'אל"ף-בי"ת' של שלטון החוק".
מנגד, המדינה טענה כי "התפריט של האסירים הביטחוניים כולל בקירוב 2,300 קלוריות ליום ועומד בהוראות הדין מבחינת כמותו והרכבו", וכי הוא גובש בעזרת דיאטנית מוסמכת וקצין רפואה ראשי.
בית המשפט ציין כי נקודת המוצא המשפטית אינה במחלוקת: פקודת בתי הסוהר קובעת כי אסיר זכאי ל"מי שתייה וכן מזון בכמות ובהרכב המתאימים לשמירה על בריאותו", ותקנות בתי הסוהר מחייבות אספקת שלוש ארוחות ביום "ממזון בכמות ובהרכב הנדרשים לשם שמירה על בריאות האסיר".
עם זאת, השופטת ברק-ארז הבהירה כי המחלוקת היא עובדתית: "נותרנו אפוא עם מחלוקת עובדתית, שעניינה בעיקרו של דבר בשאלת העמידה בסטנדרטים החוקיים... בשים לב לסדרי הדיון בבית משפט זה בשבתו כבג"ץ, יש לבחון שאלה זו במבט צופה פני עתיד".
היא הוסיפה כי "תמונת המצב שהצטיירה בפנינו הצביעה על אינדיקציות לכך שאספקת המזון לאסירים במתכונת הנוכחית אינה מבטיחה במידה מספקת את העמידה בסטנדרט החוקי הלכה למעשה... עמדת המשיבים אינה מניחה את הדעת".
לדברי השופטת ברק-ארז, אספקת המזון אינה יכולה לשמש אמצעי ענישה: "אספקת מזון מסוג זה או אחר אינה אמצעי ענישה ואין לערב במסגרת גיבוש התפריט שיקולים שאינם ממין העניין".
עוד נקבע כי הבדיקות שהציג שב"ס בנוגע למצב המחבלים אינן מספקות. "מדובר בבדיקה שאינה נותנת מענה מספק לטענות שהוצגו בפנינו, אף לא בקירוב... בבדיקה חד-פעמית של אסירים, שאינה בוחנת את מצבם לאורך זמן, אין כדי להועיל".
בהתאם לכך נקבע כי נדרש פיקוח ומעקב "לשם בחינת ההסדרה בתחום אספקת המזון על שב"ס לבצע בחינה עתית של אותם אסירים... הן ברמה הכללית, ביחס לאוכלוסיית האסירים כולה, והן ברמה הפרטנית, תוך התמקדות בבית סוהר מסוים ואף באגפים ספציפיים".
בית המשפט העליון קבע כי שב"ס נדרש להציג בתוך פרק זמן קצוב מתווה חדש שיבטיח כי אספקת המזון למחבלים עומדת בחובה החוקית. השופטת ברק-ארז כתבה כי "ככלל, השאיפה היא לשלב בין אספקת מזון ישירה מצד שב"ס לבין האפשרות לאפשר לאסירים לרכוש לעצמם מוצרי מזון נוספים".
ברק-ארז הוסיפה כי "במצב הדברים הנוכחי, שבו נאסר על האסירים הביטחוניים להחזיק במצרכי מזון שנרכשו על ידם, מוטלת על שב"ס אחריות מוגברת להבטיח כי המענה התזונתי שמסופק להם הולם את הדרישות החוקיות".
השופט עופר גרוסקופף הצטרף לתוצאה שאליה הגיעה השופטת ברק-ארז, אך העיר כי יש להקפיד גם על מימד השקיפות: "בבואנו לבחון את טענות העותרות, יש לזכור כי המידע מצוי ברובו בידי המדינה. על כן, חובתה להניח בפני בית המשפט נתונים מלאים ומפורטים. הימנעותה מלעשות כן פוגעת ביכולתו של בית המשפט להכריע". הוא הדגיש כי תכלית ההנחיה היא "לאפשר ביקורת שיפוטית אפקטיבית ולוודא כי הוראות החוק מיושמות הלכה למעשה".
השופט דוד מינץ חלק על חבריו והביע עמדה שונה. הוא כתב כי "העתירה הוגשה על סמך נתונים כלליים ולא מבוססים, ובשים לב לכך שלא הוצגה אינדיקציה ממשית לפגיעה בבריאות האסירים – דינה להידחות". לדבריו, "אין מקום שבית משפט זה יכתיב לגורמי שב"ס את אופן אספקת המזון ואת הרכב התפריט, כל עוד זה עומד באמות המידה שנקבעו בדין".
"פסק הדין הזה הוא הוכחה אחת יותר מדי, למי שעוד צריך הוכחה, לעוצמת הנזק שגורם בית המשפט העליון לבטחון ישראל. זה מה שקורה כששופטים מתמנים במועדון סגור. לכן עמדתי על שינוי הרכב הוועדה לבחירת שופטים, ואני ממשיך לעמוד על כך שהמינויים הבאים לבית המשפט העליון יראו אחרת. אנו זקוקים לשופטים שמה שעומד לנגד עיניהם הוא בטחון אזרחי ישראל ועשיית צדק, ולא הרצון להתקבל בכבוד בחוגי המשפטנים הפרוגרסיבים והצבועים ברחבי העולם".
התרעות פיקוד העורף