אמורה להיות הפרדה בין הדרג הפוליטי - השרים וחברי הכנסת, לניהול חקירות פליליות, ולכן פוליטיקאים אינם יכולים להתערב בעבודת חוקרי המשטרה והפרקליטות. אלא שכאן ללא ספק ישנה התערבות של הדרג הפוליטי בחקירת פרשת הפצ"רית. זאת על ידי נסיון מינוי "מפקח על" מעל הפרקליטות והייעוץ המשפטי שיפקח על החקירה.
קולה, נציב התלונות על השופטים ושופט בדימוס, מונה בתקופת לוין לנציב, זאת לאחר שהקואליציה חוקקה חוק ששינה את הרכב וועדת המינוי כך שתוכל למנות אדם כרצונה. מינוי קולה מעלה מספר בעיות - אחת, האם לשר לוין סמכות להפקיע ולקבוע "חוקר", במיוחד לאחר שכבר הביע את רצונו שוב ושוב לפטר את היועצת המשפטית לממשלה בכל מחיר.
השנייה, האם קולה יכול בעצמו יכול להיות מפקח בשל תפקידו כמבקר שופטים? לפי החוק, הנציב לא יכול לעסוק בדבר אחר מלבד תפקידו, אך מעבר לכך ישנה סכנה גדולה לפגיעה בעצמאות השיפוטית של השופטים שיעסקו בפרשה. כיצד אמורים השופטים שידונו בפרשה לנהוג כשהנציב שמבקר אותם הוא ראש היחידה החוקרת בפועל? אם יחליטו כנגד מערך התביעה אותו הוא מנהל בפרשה, מה יעלה בגורלם? האם הוא יוכל לבקר החלטות שיפוטיות בפרשה בכובע הנציב כאשר הוא בעל עניין בתיק? יוצא שקולה עשוי בעצמו להימצא במצב של ניגוד עניינים.
התכנית של הדרג הפוליטי המקורב לנתניהו לפטר את היועצת ולמנות מפקח על מערכת אכיפת החוק שאינו מבפנים, עשוי ליצור מצב בו חוסלה היכולת העצמאית של הזרוע החוקרת והמעמידה לדין לפעול עצמאית. ממשלה של אדם העומד לדין תשלוט בזרועות החקירה והפרקליטות, במה שעשוי להיות משבר חוקתי אמיתי. בנוסף, גם שופטי בג"צ שידונו בנושא יצטרכו להחליט האם הם פוסלים את מינוי הנציב שמטפל בתלונות עליהם, בידיעה שהנציב אחראי על ביקורת החלטותיהם.
התרעות פיקוד העורף