ברקע הדברים, הסתיים מעצר הבית של הפצ"רית לשעבר האלוף יפעת תומר ירושלמי. המשטרה לא ביקשה הארכת מעצר הבית ומבחינת החוק היא משוחררת והיא ממשיכה באשפוז בבית החולים איכילוב.
השופטת וילנר, שכתבה את חוות הדעת העיקרית, ציינה בפתח דבריה כי מדובר בפרשה חמורה ורגישה מעין כמוה. צוין כי הסתעפויות הפרשה, הובילו לסיטואציה חריגה ביותר, שבה היועצת המשפטית לממשלה מנועה מליווי ופיקוח על חקירת הפרשה.
השופטת וילנר ציינה כי החלטת שר המשפטים להעביר את סמכות היועמ"שית לפקח על חקירת הפרשה לידי גורם מחוץ למערך הייעוץ המשפטי לממשלה ולפרקליטות המדינה היא החלטה דרמטית, אשר מעוררת קושי רב, בהיותה ניצבת במתח עם עיקרון עצמאות מערך התביעה הפלילית, שהוא עיקרון על בשיטתנו המשפטית; ועם הכלל הנובע מעיקרון זה, שלפיו אין מקום להתערבות גורמים פוליטיים בחקירות פליליות קונקרטיות.
השופטת וילנר קבעה, כי משעה שגורמים בכירים ביותר בייעוץ המשפטי לממשלה ובפרקליטות המדינה, לרבות היועמ"שית ופרקליט המדינה, היו מעורבים באירועים הנחקרים, ומשכך עשויים להידרש למסור עדות בפרשה דנן; וכן בהינתן יחסי הכפיפות בין יתר בכירי הייעוץ המשפטי לממשלה ופרקליטות המדינה לבין ראשי מערכות אלו – הרי שבנסיבות החריגות והקיצוניות דנן, אין מנוס מן המסקנה כי קמה הצדקה לחרוג באורח מוגבל ומתוחם מהכלל, שלפיו אין מקום להתערבות גורמים פוליטיים בחקירות פליליות, למרות הקשיים כבדי-המשקל הכרוכים בכך.
לעמדתה, מסקנה זו נסמכת, בין היתר, על כך שהחלטת השר לא מהווה התערבות ישירה בחקירה פלילית קונקרטית, אלא התערבות עקיפה בלבד, שמתמצית בבחירת זהות עובד המדינה שאליו תועברנה סמכויות הפיקוח על החקירה, תוך ניתוק הקשר בין השר לבין אותו עובד מדינה לאחר העברת הסמכויות.
כמו כן, השופטת וילנר ציינה כי מסקנתה מביאה בחשבון את העובדה כי אין בהחלטת השר כדי להטיל דופי במוסד הפרקליטות כרשות התביעה של מערכת אכיפת החוק בישראל; וכי הגורם שאליו מועברת סמכות הפיקוח של היועמ"שית רשאי להסתייע לפי שיקול דעתו, בגורמים מסוימים בפרקליטות על מנת לממש את הסמכות שהועברה אליו.
היא קבעה גם שמניעות היועמשית היא רק בשלב לווי החקירה. שלישית, העברת סמכות כבענייננו צריכה להיעשות לעובד מדינה בכיר, משפטן מובהק, שתחום עיסוקו, בעבר או בהווה, כרוך בהפעלת שיקול דעת בתחום התביעה או החקירה הפלילית. רביעית, לא ניתן להעביר סמכות הנוגעת לחקירה קונקרטית, כבענייננו, לעובד מדינה בעל שיוך פוליטי, בעבר או בהווה. כמו כן, לא תופעל סמכותו הנדונה של השר, כאשר מושא החקירה הוא גורם פוליטי.
וילנר ציינה: "אין בפסק הדין כדי להביא להכרעה בשאלת זהות האדם שיבוא בנעליה של היועמש"ית. לפיכך, לא ננעל השער להגעה לפתרון מוסכם, אשר ייהנה מהכשר ציבורי רחב וינמיך את גובה הלהבות בשיח הציבורי; ויפה שעה אחת קודם".
השופטת וילנר: "יש למצוא עובד מדינה בכיר שהוא משפטן מובהק לתפקיד המפקח על חקירת הפצ״רית. הוא יוכל להתייעץ עם גורמי הפרקליטות לשם כך". השופט שטיין הוסיף כי הוא לא היה ממהר לקבוע שהוא צריך להתייעץ עם הפרקליטות. וכי זה נתון לשיקול דעתו.
השופטת גילה כנפי שטייניץ: "בחוות דעתה, עמדה השופטת כנפי שטייניץ על המתח בין הערך של עצמאות רשויות האכיפה, ערך יסודי בהגנה על שלטון החוק והמשטר הדמוקרטי, לבין החשיבות שבניהול חקירה עצמאית ואמינה שתנוהל על-ידי גורם שאינו נגוע בחשש לניגוד עניינים, באופן שישמור על אמון הציבור בטוהר ההליך. לגישתה, כלל היסוד הוא יצירת חיץ ברור בין הדרג המיניסטריאלי לבין חקירה פרטנית מתנהלת. עם זאת, בנסיבות החריגות שבענייננו – בהן מתקיימת מניעות רחבה של הגורמים הבכירים ביותר במערכת האכיפה, משלא נערכה בחינה יסודית של ניגודי העניינים באופן המאפשר ליווי החקירה על ידי מי מבכירי הפרקליטות, ולנוכח החשיבות בקיומה של חקירה עצמאית שתזכה לאמון הציבור – יש לאפשר לשר להפעיל את סמכותו ולהטיל על עובד מדינה אחר את תפקיד ליווי החקירה עד שהמניעות תוסר".
בתגובה לפסק הדין בפרשת הפצ״רית נמסר ממובילי המחאה למען הדמוקרטיה, שקמה ברסלר, משה רדמן, יאיא פינק ועמי דרור: "שופטי בג״ץ מנסים לפעול בהיגיון מול מי שכבר שלוש שנים עולה עליהם עם D-9. יריב לוין - מי ששיקר בתצהיר לבג״ץ, לא ירפה מנסיונותיו לשכתב את ההיסטוריה ולנצל את הפרשה כדי לפטר את היועמ״שית. אסור לתת למי שהסיתו והובילו לפוגרומים בשדה תימן ובית ליד, להשתלט על חקר האמת ולרסק את הדמוקרטיה הישראלית".
סגן ראש הממשלה ושר המשפטים יריב לוין פרסם דברים חריפה לפני הדיון בבג"ץ: "הנסיונות הנואשים למנוע את מינויו של כב׳ השופט קולה, למרות שאיש לא חולק על יושרתו ועל מקצועיותו, מעלים שאלה: למה יש מי שמתנגדים לו כל כך? והתשובה פשוטה: יש מי שחוששים מתוצאות החקירה, ויודעים שכב׳ השופט קולה לא יוותר על חשיפת האמת. אין שום תירוץ שיכול להצדיק פסילה של כב׳ השופט קולה. אין שום הסבר מדוע כב׳ השופט ריבלין יכול היה לעמוד במשך שנתיים בראש ועדת בדיקה, וזאת במקביל לכהונתו כנציב תלונות הציבור על שופטים, ואילו כב׳ השופט קולה לא יכול ללוות את החקירה הנוכחית".
עוד אמר לוין: "כל פסיקה שתמנע את המינוי של כב׳ השופט קולה, בתירוץ כזה או אחר, בפרט לאחר שמונחת הצעה לבחור אדם נוסף שילווה את החקירה לצידו, פירושה שבית המשפט איפשר את טיוח החקירה. זו תהיה ראיה חותכת לכך שההתנהלות המשונה של החקירה, כמו גם המאמץ העליון שעושה עו״ד בהרב מיארה להתערב בה, נועדו למנוע את ההגעה לחקר האמת ולהסתיר את שותפיה של הפצ״רית לשעבר".
התרעות פיקוד העורף