נתניהו עצמו כתב לנשיא: "בשנים האחרונות התגברו המתחים והמחלוקות בין חלקי העם ובין רשויות המדינה השונות. אני מודע לכך שההליך המתנהל בענייני הפך למוקד להתנצחויות עזות. אני נושא באחריות ציבורית וערכית רחבה, מתוך הבנה להשלכות של כלל האירועים".
עוד הוסיף נתניהו: "מול האתגרים הביטחוניים וההזדמנויות המדיניות שניצבים בימים אלה בפני מדינת ישראל, אני מחויב לעשות כל שביכולתי לאיחוי הקרעים, להשגת אחדות בעם ולהשבת האמון במערכות המדינה, וכך אני מצפה שיעשו כל ראשי זרועות המדינה".
על פי סעיף 11 לחוק יסוד נשיא המדינה, לנשיא יש סמכות "לחון עבריינים ולהקל בעונשים על ידי הפחתתם או המרתם". הפנייה של נתניהו אינה כוללת הודאה באשמה או הסכמה לפרישה מהחיים הפוליטיים.
הליך החנינה מתנהל בשלבים הבאים: קבלת הבקשה בבית הנשיא, העברתה למחלקת החנינות במשרד המשפטים, קבלת מידע מגורמי מקצוע, חוות דעת של המחלקה, החלטת היועצת המשפטית, גיבוש המלצה של שר המשפטים (במידה וייטען שלוין בניגוד עניינים, השר עמיחי אליהו יחליף אותו), ולאחר מכן המלצה מנומקת לנשיא המדינה. רק בשלב האחרון הנשיא מקבל החלטה, ובמקרים בהם החנינה מתקבלת – ניתן כתב חנינה רשמי.
החוק הישראלי אינו מתנה את בקשת החנינה בהודאה באשמה או בהבעת חרטה. כך היה גם במקרה של נשיא המדינה לשעבר משה קצב, שהגיש לנשיא שמעון פרס בקשת חנינה מבלי שהודה במעשים שיוחסו לו. לצד זאת, ישנה נקודה קריטית: רק מבקש החנינה עצמו – או בני משפחתו מדרגה ראשונה, או עורך דינו – יכולים לפתוח בהליך החנינה. אדם אחר רשאי רק להביע תמיכה או התנגדות. המשמעות ברורה: כעת, לאחר הגשת הבקשה על ידי נתניהו ישנה משמעות קרדינלית לבקשתו של נשיא ארצות הברית דונלד טראמפ כי הרצוג יחון את נתניהו.
המדיניות הרגילה היא שנשיא המדינה דן בבקשת חנינה רק לאחר סיום ההליך המשפטי. אולם, פרשת קו 300 מהווה תקדים: בג"ץ קבע כי לנשיא יש סמכות לחון גם לפני משפט, וחנינה אכן ניתנה לאנשי שב"כ עוד לפני שהוגש נגדם כתב אישום. זה תקדים שעשוי לסייע לנתניהו, אך יש לו מגבלות ברורות.
המצב של נתניהו שונה מפרשת קו 300 מפני שכבר מתנהל נגדו משפט. מתנגדי החנינה צפויים לטעון כי יש הבדל מהותי בין חנינה בעת חקירה לבין חנינה לאחר הגשת כתב אישום וניהול פרשת התביעה. בדעת המיעוט בפסק הדין של קו 300, השופט אהרן ברק התריע מפני חנינה בזמן חקירה פעילה בשל פגיעה בעיקרון הפרדת הרשויות ובהתערבות בהליך תלוי ועומד. ההיגיון מאחורי ההתנגדות צפוי לחזור גם במקרה של נתניהו, בטענה שעצימות הפגיעה גבוהה בהרבה כשההליך המשפטי כבר מתקדם.
נקודה חשובה היא סוגיית הקלון והמשך תפקידו של נתניהו כראש ממשלת ישראל לאחר קבלת החנינה. ככלל, חנינה "מנקה" את העבר של האדם ואין קלון במסגרת החלטת חנינה. עם זאת, הרצוג יוכל לדרוש מנתניהו פרישה מהחיים הפוליטיים בתמורה לקבלת החנינה. הסיכוי שנתניהו ייענה בחיוב לדרישה כזאת - אפסי.
התרעות פיקוד העורף