השופטת וילנר כתבה כי המינוי אינו עומד בדרישות שנקבעו, בראשן התנאי שלפיו העברת הסמכות צריכה להיעשות לעובד מדינה בכיר, תנאי מהותי שנועד להבטיח ניטרליות ולמנוע חשש לשיקולים פוליטיים.
וילנר קבעה כי "אדם שנקלט בשירות המדינה באופן זמני, אך ורק לצורך מילוי התפקיד הנדון אינו עונה על התנאי". עוד קבעה וילנר כי "כאשר אדם נקלט לשירות המדינה אך ורק לצורך מילוי תפקיד מתעצם החשש כי אותו אדם ישמש כ'שלוחו' של השר".
בפסק הדין הוצגה גם התזכורת לקושי החוקתי: "החלטת השר היא החלטה דרמטית ומעוררת קושי רב, בהיותה ניצבת במתח עם עיקרון עצמאות מערך התביעה הפלילית". בפסק הדין הודגש כי חריגה מהכללים אפשרית רק "במקרה נדיר שבנדיר", ותוך הקפדה דווקנית על כל המגבלות שנקבעו על ידי בג"ץ.
גם תהליך קבלת ההחלטה נבחן. וילנר כתבה כי לוין הרחיב מגבלות שלא נקבעו בפסק הדין הקודם, כשפסל מועמדים בגלל "כפיפות מקצועית או ניהולית" או "קשרי עבודה", אף ש"מגבלה מעין זו לא נקבעה בפסק הדין". עוד צוין כי מכתב ההיוועצות הציג פרשנות מרחיבה לסמכות השר שאינה תואמת את ההלכה שנקבעה על ידי השופטים.
הנשיא עמית הצטרף לתוצאה וציין כי המינוי "לוקה בפגמים נוספים", ובהם היעדר תשתית עובדתית: "החלטת המינוי אינה מגובה בתשתית עובדתית מינימלית". לדבריו, "די בכך כדי להצדיק התערבות שיפוטית". הוא גם התייחס לאפשרות של שיקולים זרים: "בהינתן ספק ממשי ביחס לשיקולי הרשות, יועבר אליה הנטל להוכיח כי לא שקלה אלא שיקולים ענייניים".
השופט כבוב הצטרף אף הוא למסקנה. בסופו של דבר הורה בית המשפט על מתן צו מוחלט שביטל את המינוי, וקבע כי כל החלטה חדשה של לוין חייבת לעמוד בדיוק בתנאי פסק הדין הראשון, תוך הדגשה שעדיין ניתן להגיע להסכמות בין הצדדים בטרם יוכרע זהותו של הגורם החדש שימונה על מנת להחליף את היועמ"שית כמפקחת על החקירה.
"כעת, הגיע פרעון החוב. עמית ווילנר מיירטים בזה אחר זה את השופטים שמונו כדי ללוות את החקירה. הם מונעים את גילוי האמת ביחס למעורבותם של בהרב מיארה והכפופים לה בפרשת הפצ״רית".
"הנה לפניכם גרעין השליטה שמסכל שוב ושוב את בירור האמת. מי שמכנים את עצמם שומרי סף ושומרי החוק, בעצם שומרים אחד על השני. הם מסתירים. הם מפחדים מגילוי האמת. וזה לא יעזור להם. אנחנו לא נוותר עד שהאמת תצא לאור!".
התרעות פיקוד העורף