אלא שסוגיית רפיח, כך מתברר, מורכבת הרבה יותר מהתנאי הישראלי. מאחורי הוויכוח על לוחות זמנים, מנגנוני פיקוח וסידורי מעבר, מסתתרת שכבה נוספת: בישראל מעריכים שמצרים מדברת בשני קולות - דורשת פתיחה בפומבי, אך מאחורי הקלעים אינה ממהרת לראות את השער נפתח.
על פי הגורמים, החשש המרכזי בקהיר נוגע להחזרת ההברחות מסיני לרצועה. גם אם קיימים כיום ניסיונות הברחה לעזה, ובכלל זה במסלולים נקודתיים, בישראל מעריכים שהיקפם אינו כזה שמאפשר לחמאס להתעצם במהירות. לעומת זאת, פתיחה תפעולית של מעבר רפיח עלולה, לפי אותה תפיסה, לשנות את כללי המשחק: תנועה רציפה יותר, נפחי מעבר גדולים יותר, ופערי פיקוח בלתי נמנעים שמייצרים כר נרחב להברחות מסיני לרצועה.
בישראל סבורים כי גם אם יוקם מנגנון בידוק, אין ולא יהיה בידוק הרמטי. מבחינת המצרים, כך נטען, המשמעות פשוטה: מעבר פתוח לאורך זמן הוא תרחיש שמגדיל את ההסתברות שחמאס יקבל לידיו נשק, ציוד ויכולות - ובטווח רחב יותר הדבר עלול להשליך על יציבות המשטר עצמו, דרך התחזקות של מחנות אסלאמיסטיים במרחב.
מכאן נגזרת, לפי ההערכה בישראל, תופעת "שני הקולות" המצרית: הצהרות רשמיות בעד פתיחה לשני הכיוונים, לצד זהירות מעשית ורתיעה מלחץ אמיתי שיכפה פתיחה מהירה. בישראל סבורים שמצרים אינה ממהרת להוביל מהלך שעלול לשרת את חמאס - גם אם כלפי חוץ היא מציגה עמדה תקיפה בנושא ההומניטרי והמעברי.
עוד אומרים הגורמים כי מבחינת קהיר, פתיחה מלאה תוכל להפוך לריאלית יותר רק אם יתקיים בעזה כוח בינלאומי אפקטיבי, כזה שבאמת שולט בשטח ומסוגל לאכוף כללים. אלא שבישראל מטילים ספק ביכולת להקים כוח ייצוב הרב-לאומי, כזה במתכונת שתהיה יותר מנוכחות סמלית: אף מדינה אינה ממהרת לשלוח כוחות לעימות מול חמאס, וכל כוח שיגיע ללא יכולת אכיפה עלול להפוך לכוח שמייצר תחושת סדר, בלי למנוע בפועל התחמשות מחדש.
במקביל, בירושלים מציגים את סוגיית רפיח כחלק מאריזה רחבה יותר של מהלכים מדיניים וביטחוניים סביב "היום שאחרי": ישראל רואה בפירוז חמאס מנשקו יעד מרכזי, ומבהירה שללא פירוז לא תתקדם נסיגה מאזורים שצה"ל מחזיק ברצועה. מנגד, לפי הגורמים, חמאס בונה על השפעה של גורמים אזוריים מול וושינגטון כדי לייצר לחץ שיזיז את ישראל מעמדותיה ואת צה"ל מהשטח - אך בישראל מתעקשים שהמשוואה נשארת בעינה.