בתגובה טוענת הממשלה כי סגירת התחנה היא החלטה שהתקבלה במסגרת סמכותה המלאה כמופקדת על צה"ל, וכי אין מניעה משפטית להפסיק את פעילותה של יחידת שידור צבאית העוסקת בתכנים פוליטיים. לטענת המדינה, פעילות תקשורתית כזו בתוך מסגרת צבאית מהווה חריג שאינו מתיישב עם אופיו של צה"ל.
בתגובה הרשמית שנשלחה לבג"ץ נכתב כי ההחלטה על סגירת גלי צה"ל "נתקבלה בסמכות חוקית מלאה, במסגרת מרות הממשלה הנבחרת על צה"ל, על בסיס תשתית משפטית מוצקה ובליווי הייעוץ המשפטי למערכת הביטחון, לאחר הליך מנהלי תקין".
עוד נטען כי לאורך השנים נשקלה האפשרות לסגור את התחנה על ידי גורמים שונים במערכת הביטחון ובדרג המדיני. במסמך נכתב כי "נדמה שלא הייתה ממשלה, לא היה שר ביטחון ולא היה רמטכ"ל שלא שקלו את אפשרות סגירתה של גלי צה"ל מחמת אותה אנומליה. מבקשים מבית המשפט להורות על דחיית העתירות ולפסוק הוצאות משפט לדוגמה".
המדינה מתייחסת גם לעמדות משפטיות שניתנו בעבר, וטוענת כי חוות דעת של גורמים בייעוץ המשפטי למשרד הביטחון ולצה"ל, ובהן כאלה שניתנו בתקופות קודמות, קבעו כי הסמכות להחליט על סגירת התחנה נתונה לדרג הצבאי והמדיני. במסמך נכתב כי "סגירת גלי צה"ל, ככל יחידה צבאית, נתונה להחלטת הרמטכ"ל והממשלה שלמרותה הוא נתון".
התרעות פיקוד העורף