ההחלטה ניתנה לאחר דיון שהתמקד ביישום הפן המעשי של הדיון הקודם שהתקיים לפני כשלוש שנים. נקבע כי ככל שמי מהצדדים סבור כי נדרש אישור מחודש של מנהל רשות העתיקות, "חזקה על האחרון כי יידרש לסוגיה זו לאלתר ובכל מקרה ייתן את החלטתו בעניין בתוך 14 ימים". על בסיס קביעות אלה נקבע כי ניתן לדון בבקשות ההיתר לגופן.
בהחלטה הורה בית המשפט כי המדינה תפעל להגשת בקשות חדשות להיתר בנייה לא יאוחר מחלוף 14 ימים לאחר קבלת אישור מנהל רשות העתיקות, ככל שיידרש. עוד נקבע כי אם לא תינתן החלטה בבקשות בתוך 45 ימים ממועד הגשתן, יראו בכך סירוב בהתאם לחוק התכנון והבניה. במקרה כזה, תפעל המדינה להגשת ערר לוועדת הערר לתכנון ובניה מחוז ירושלים בתוך 14 ימים. בהחלטה צוין כי ועדת הערר, ככל שהעניין יובא לפתחה, תפעל בהתאם לסמכויותיה וללוחות הזמנים הקבועים בדין.
בנוסף קבע בית המשפט כי "חזקה על כלל הגורמים הנוגעים בדבר - לרבות משיבי המדינה, עיריית ירושלים וכן ועדת הערר (ככל שיהיה בכך צורך) - כי יפעלו במהירות ובשקידה הראויות לקידום העניין, וזאת בהתחשב, בין היתר, בפרק הזמן הממושך והחריג שבו מתנהלים ההליכים דנן". עוד הורה כי משיבי המדינה ועיריית ירושלים יגישו הודעה מעדכנת לתיק בית המשפט בתוך 90 ימים.
הרשות השופטת פרסמה הבהרה ובה נכתב: "בהמשך לפרסומים שכותרתם מייחסת לבג״ץ את חלוקת הכותל, יובהר כי החלטת שבעת שופטי בג"ץ מהיום עוסקת באכיפת עמדת הממשלה בהתאם להנחיית ראש הממשלה בנושא מחודש יוני 2017. עוד יובהר שעמדת הממשלה בדיון הייתה שצריך לקדם היתר בניה ברחבה הדרומית (כאמור בהחלטת הממשלה) ושעמדת הממשלה לוותה בתצהיר של מזכיר הממשלה".