כך נכתב: "בפתח הדברים נדגיש כבר כעת כי הבקשה שלפנינו חריגה ביותר, באשר היא עוסקת בחנינה טרם הרשעה ובעיצומו של הליך משפטי מתנהל". עוד נכתב כי על אף פניות לפני זמן ממושך, "נכון למועד השלמת חוות דעת זו, יום 09.03.26, עמדת הפרקליטות טרם התקבלה".
לכן הוסבר כי "בחלוף כשלושה חודשים ממועד הגשת הבקשה, ובהעדר צפי לקבלת עמדת גורמי התביעה בטווח הנראה לעין, מצאנו כי ראוי יהיה שלא להשהות עוד את הטיפול בבקשה והעברת חוות דעתנו, החיונית לנשיא המדינה לשם קבלת החלטתו". כך נכתב: "במקום בו אין הכרעה שיפוטית, היעדרה של הודאה עלול לשמוט את הקרקע מתחת לעצם הבקשה".
אז הוסבר על היסטוריית חנינה לא הכרעה שיפוטית: "ככל הידוע, מאז חקיקת חוק היסוד בשנת 1964 ועד ימינו, משך שישה עשורים, הופעלה סמכות החנינה רק בתום ההליך המשפטי, זאת למעט חנינה אחת- קו 300 הפניה לחנינה בפרשה זו נולדה בעקבות צורך ביטחוני חיוני מדובר היה בחנינה ייחודית, ראשונה מסוגה ויחידה שניתנה על רקע צבר נסיבות חריגות ביותר שהובאו לפתחו של נשיא המדינה".
לפי המנסחים: "המסקנה המתבקשת היא, אם כן, שבשל השוני בין שתי הפרשות, והיעדר רכיב ההודאה בעניינו של מר נתניהו - אנו מצויים בשדה משפטי שטרם נחרש". עוד נכתב: "מצד אחד, ודאי לא מצופה מאדם להסכים לפרישה מתפקידו במקום שהוא עומד על חפותו המלאה. מצד שני, לנוכח טיב החשדות והטענה לרדיפה פוליטית, בהחלט יכולה להישמע טענה לגיטימית הדורשת שכל עוד ראש הממשלה עומד על חפותו המלאה, אין זה ראוי להכריע בבקשתו, ללא התקיימות לפחות אחד משלושה מרכיבים אלה: הודאה, פרישה מוסכמת מכהונה (אף ללא הודאה פורמלית) או פסק דין".
חוות הדעת מציינת השלכות על נאשמים אחרים בכתב האישום: "הבדל משמעותי נוסף, בין בג"צ ברזילי לעניינו של מר נתניהו, הנגזר גם הוא מהשלב בו מצוי המשפט, נוגע לעובדת קיומם של נאשמים נוספים בכתב האישום". עוד נאמר כי "אין ספק שהשנים האחרונות במדינת ישראל מתאפיינות במחלוקות עמוקות בין חלקי החברה השונים, בנושאי ליבה מגוונים, אשר הובילו להעמקת הפערים ולהעצמת הקיטוב החברתי. הכמיהה לריפוי ולאיחוי ברורה ויש לקוות כי תימצא הדרך הנכונה לפיוס. אולם בעניינו של מר נתניהו, לא ניתן לקבוע כי הפעלת סמכות החנינה על דרך הפסקת המשפט תוביל בהכרח לאיחוי הקרע בעם. באותה מידה, קיים חשש שהפסקת המשפט דווקא תגביר את המתחים בחברה על רקע תחושות הפגיעה בעקרון השוויון, פגיעה בהפרדת הרשויות, והיעדר הכרעה ברורה בשאלת האשם מצד אחד, ובטענות המועלות בבקשה על אודות התנהלות חריגה ופסולה של גורמי החקירה והתביעה מן העבר השני".
"בהקשר לכך, יצוין עוד, כי הפסקת המשפט של מר נתניהו לא תוביל בהכרח לביטולו נגד יתר הנאשמים. במצב דברים בו ההליכים נגדם יימשכו, מר נתניהו עדיין יהיה מחויב להמשך חקירה נגדית על ידי התביעה. משכך, לא יהיה במתן חנינה בכדי לתת בהכרח מענה לצורך הנטען בבקשה לאפשר לו, כראש ממשלה, להקדיש את מלוא משאביו וזמנו לענייני המדינה".
"באשר לטיעונים הנוגעים לתרומה הייחודית של מר נתניהו למדינת ישראל, נאמר מחד גיסא, כי לנוכח עשייתו הציבורית הנרחבת של מר נתניהו לאורך שנים רבות בתפקידיו השונים, כבר מתקופת שירותו הצבאי, אין ספק שמדובר בנתון בעל משקל שעל הנשיא לשקול בחלק ממארג שיקוליו. מאידך גיסא, מדובר בטיעונים שאינם יכולים להוות חסינות מפני העמדה לדין פלילי ומקומם להיבחן בדרך כלל בתום ההליך המשפטי כמקובל".
"בקשת מר נתניהו מתבקשת בעיצומו של הליך המתנהל בבית המשפט, להבדיל מהחנינה בפרשת קו 300 שניתנה בשלב שלפני החקירה במשטרה; היא מוגשת ללא הסכמת היועץ המשפטי לממשלה; ללא פרישה (בשונה מפרישת ראש השב"כ בפרשת קו 300); כאשר על פניו קיימת חלופה משפטית בדמות עיכוב הליכים; וכאמור ללא הודאה כלשהי במעשים המיוחסים בכתב האישום. "היעדרה של הודאה מטעם מר נתניהו אינה עניין של מה בכך. כאמור, ניסיונה המצטבר של מחלקת חנינות בטיפול בבקשות חנינה שהובאו לפתחה לאורך עשרות שנות פעילותה, מלמד כי הודאה וחנינה כרוכות זו בזו".
"על רקע זאת, אנו מוצאים כי קיים קושי של ממש לקבוע שסמכות החנינה הקבועה בחוק יסוד: נשיא המדינה חלה במקרה דנן. גם לו נניח שסמכות החנינה חלה במקרה מסוג זה, הרי שהפעלת סמכות החנינה בעניינו של מר נתניהו עלולה לגרום לפגיעה בעקרון שוויון הכל, פני דל ופני גדול, בפני החוק. הדברים נכונים ביתר שאת, לנוכח העובדה כי בפרשת קו 300 ניתנה חנינה לכל המעורבים ואף לא אחד מהם עמד לדין, באופן שעקרון השוויון לא נפגם. לעומת זאת, בעניינו של מר נתניהו, משפטם של הנאשמים האחרים צפוי להימשך".
"לנוכח מעמדו הרם של מר נתניהו, פגיעה כה משמעותית בעקרון השוויון ובעקרון הפרדת הרשויות, היעדר הכרעה ברורה בשאלת האשם מצד אחד, ובטענות המועלות בבקשה על אודות התנהלות חריגה ופסולה של גורמי החקירה והתביעה מן העבר השני - עלולה לגרום לפגיעה קשה באמון הציבור במוסד החנינה והנשיאות כאחד, ואף להעמיק את הקרעים והקיטוב בין חלקי החברה השונים במדינה".
"אשר על כן, על יסוד התשתית העובדתית והמשפטית ומערכת הנסיבות הכוללת המונחת ביום בפנינו לא נוכל לקבוע כי סמכות החנינה הקבועה בחוק יסוד: נשיא המדינה חלה במקרה דנן. כמו כן, לא נוכל להמליץ לנשיא המדינה לנקוט בצעד חריג ומרחיק לכת של הפעלת סמכות החנינה על דרך הפסקת ההליך המשפטי המתנהל נגד מר נתניהו".
התרעות פיקוד העורף