מבית הנשיא נמסר כי כל החומרים הועברו כעת לעיון היועצת המשפטית של בית הנשיא, עו"ד מיכל צוק, שתבחן את החומר ותציג לנשיא את המלצותיה. בבית הנשיא גם הדגישו באופן חריג כי שום ניסיון להשפיע על תהליך קבלת ההחלטות - מכל כיוון שהוא - לא ישפיע על שיקול דעתו של הנשיא.
מבחינה מעשית, המשמעות היא שבקשת החנינה של נתניהו נכנסה לשלב המכריע ביותר מבחינת בית הנשיא. עד כה טופלה הבקשה במסלול המקצועי והמנהלי - תחילה במחלקת החנינות במשרד המשפטים, לאחר מכן אצל השר המחליף עמיחי אליהו, וכעת בבית הנשיא עצמו.
מה שכן ידוע באופן רשמי הוא עמדת הדרג המקצועי במשרד המשפטים - ולפיה מחלקת החנינות מתנגדת לבקשה. לפי חוות הדעת, בקשת נתניהו היא "תקדימית וחריגה ביותר", וכי קשה להמליץ לנשיא להפעיל את סמכות החנינה בדרך של הפסקת ההליך הפלילי המתנהל נגדו, עוד לפני הכרעה שיפוטית. באותה חוות דעת הודגש גם כי נתניהו לא הודה בעבירות ולא הביע חרטה - שני שיקולים שבפרקטיקה המקובלת של מוסד החנינה נחשבים בעלי משקל משמעותי.
כאן טמון לב הסוגיה המשפטית. סמכות החנינה של נשיא המדינה רחבה מאוד ומעוגנת בסעיף 11(ב) לחוק יסוד: נשיא המדינה, ובחומרי ההסבר הרשמיים של בית הנשיא מודגש כי הנשיא רשאי לשקול לא רק שיקולי חסד ורחמים, אלא גם שיקולי צדק, אינטרס ציבורי, ושיקולים חברתיים ומדיניים. מנגד, אותם חומרי הסבר עצמם מדגישים כי סמכות החנינה אינה נועדה לשמש ערכאת ערעור נוספת על בתי המשפט, אלא מעין "שסתום ביטחון" למקרים חריגים. זו בדיוק הסיבה שהבקשה של נתניהו - בזמן שמשפטו עדיין מתנהל - נחשבת לחריגה כל כך.
השלב הבא: ההכרעה של הרצוג
מכאן ואילך, התיק יעבור למעשה דרך היועצת המשפטית של בית הנשיא, שתבחן את חוות הדעת, את נספחיהן, ואת הבירורים הנוספים שיידרשו, ורק לאחר מכן תגיש את המלצותיה לנשיא. משמעות הדבר היא שהרצוג עדיין לא נדרש להכרעה סופית, אך המעגל סביבו הולך ונסגר. ככל שלא יידרשו השלמות חריגות, השלב הבא יהיה הנשיא עצמו - והוא יצטרך לקבל החלטה שתהיה בעת ובעונה אחת משפטית, ציבורית ופוליטית.
אם הרצוג יחליט בסופו של דבר להיעתר לבקשה, הוא יידרש להסביר כיצד מהלך כזה מתיישב עם העובדה שהמשפט עדיין מתנהל ועם ההתנגדות המקצועית שפורסמה. אם ידחה את הבקשה, הוא צפוי לעמוד מול מתקפה פוליטית מצד נתניהו ותומכיו, שיטענו כי ויתר על הזדמנות להביא לסיום פרשה שמטלטלת את המערכת הציבורית כבר שנים. כך או כך, ההחלטה - כשתתקבל - לא תיתפס רק כהכרעה אישית בעניינו של נתניהו, אלא כעמדה עקרונית בשאלות של שלטון החוק, יחסי הרשויות, ומעמדו של מוסד הנשיאות ברגע מן הטעונים ביותר שידעה הפוליטיקה הישראלית בשנים האחרונות.