התיקים ידונו בפני בית משפט צבאי שיוקם מכוח תקנות ההגנה לשעת חירום. בראש כל הרכב יעמוד שופט בית משפט מחוזי בדימוס, ובראש הרכב ערעור יעמוד שופט בית משפט עליון בדימוס, נשיא מחוזי בדימוס או נשיא בית הדין הצבאי לערעורים.
לבית הדין תינתן סמכות לדון בכלל העבירות הקיימות בדין הישראלי, לרבות עבירות לפי חוק השמדת עם, עבירה של פגיעה בריבונות המדינה, סיוע לאויב במלחמה ועבירות לפי חוק המאבק בטרור.
בשל המורכבות הראייתית והיקף הזוועות, ניתן יהיה לסטות מסדרי הדין ודיני הראיות הרגילים כדי להבטיח את בירור האמת, תוך שמירה על הגינות ההליך. החוק קובע כי לא תתאפשר אפשרות לשחרור נאשמים או מורשעים במסגרת עסקאות עתידיות של שחרור מחבלים.
הדיונים יהיו פומביים ככלל, ישודרו באתר אינטרנט ייעודי ויישמרו עבור ארכיון המדינה. בנוסף, תוקם ועדת היגוי בראשות ראש הממשלה ובהשתתפות שרי המשפטים, הביטחון והחוץ, שתקבע את המדיניות וההיערכות להעמדה לדין.
עוד ציין לוין כי, "לצורך כך, נדרשה עבודת חקיקה בהיקף גדול, על מנת להבטיח כי ניתן יהיה לנהל באופן יעיל משפטים של מספר גדול מאוד של נאשמים. זאת, בדרך שתוציא את הצדק לאור ותספר לעולם כולו ולדורות הבאים את סיפור הטבח הנורא. העבודה היסודית שבוצעה על ידי הצוות מניחה תשתית ראייתית איתנה לשם קיום המשפטים ומיצוי הדין עם המחבלים השפלים".
התרעות פיקוד העורף