עם כניסתו לתפקיד בשנת 2021, הוביל ברנע רפורמה ארגונית עמוקה ומקיפה, שנועדה להתאים את המוסד ואת משימות הליבה של הארגון לשינויים הטכנולוגיים בעולם ולאתגרים הגיאופוליטיים והביטחוניים של מדינת ישראל.
במסגרת זו עוצבו מחדש היכולות המבצעיות, ובהן הרחבה משמעותית של הכוחות המבצעיים המבוססים על סוכנים זרים למימוש משימות מיוחדות בעומק שטח האויב. בנוסף, ברנע חיזק משמעותית את אגפי הטכנולוגיה, הדיגיטל והסייבר, זאת לצד העמקת שיתופי הפעולה בין המוסד לבין גופי הביטחון והתעשיות הביטחוניות, ליצירת כלים חדשים בשדה הקרב.
לצד זאת, ברנע הוביל לראשונה בארגון את הקמתו של אגף השפעה, אשר פיתח יכולות תודעה והשפעה רחבות, מקצועיות ומתקדמות, כחלק מסל הכלים המבצעי של המוסד לסיכול האיומים הנשקפים מצד חזבאללה ואיראן. הרפורמה בהובלת ברנע נועדה לבנות את המוסד לעשרות שנים קדימה כארגון ביון מתקדם, יצירתי וגמיש, בעל יכולת פעולה עמוקה ורב-זירתית, שבכוחו לבצע מבצעים אסטרטגיים ומשני מציאות.
הרפורמה כללה הכפלה משמעותית של היקף המבצעים, הסוכנים והפעילות בעומק האויב, תוך שילוב בין מודיעין עמוק, יכולות מבצעיות מתקדמות וטכנולוגיה עילית. מימושה ביסס את המוסד כאחד מארגוני הביון החזקים והמתקדמים בעולם. פירות השינוי, אומרים במוסד, באו לידי ביטוי במערכה הרב-זירתית המתמשכת, שבמהלכה הוכיח הארגון את תרומתו לא רק כארגון הפועל בין המערכות, אלא גם כשחקן משמעותי בשולחן הביטחון הלאומי בעת מלחמה. בעת זו הפך המוסד לגוף בעל השפעה ישירה על עיצוב המערכה בזירה הצפונית ובאיראן.
המערכה מול איראן עמדה בלב כהונתו של ברנע. כבר בדצמבר 2021 הצהיר ראש המוסד באופן חד-משמעי כי "לאיראן לא יהיה נשק גרעיני", והציב את סיכול תוכנית הגרעין וההתעצמות האיראנית בראש סדר העדיפויות. בשנים אלו המשיך המוסד לבנות את התשתית המודיעינית אשר שימרה את העליונות המודיעינית הישראלית, ואפשרה ביצוע מבצעים חשאיים והשגת מודיעין איכותי ובעל ערך אסטרטגי למדינת ישראל. על חלק ממבצעים אלו זכה המוסד בפרס ביטחון ישראל בשנת 2023.
במערכות "עם כלביא" ו"שאגת הארי", שהובלו על ידי צה"ל, פעל המוסד בשילוביות עמוקה עם צה"ל והביא לידי ביטוי את יתרונותיו היחסיים - חדירות מודיעינית עמוקה ויכולות מבצעיות ייחודיות. במערכה מול חזבאללה מילא המוסד תפקיד משמעותי, בראש ובראשונה במבצע הביפרים, שזכה בפרס ביטחון ישראל בשנת 2024, אשר היווה את מכת הפתיחה למערכה מול ארגון הטרור ותרם לפגיעה בארגון ולשבירת רוחו.
מספר ימים לאחר מכן היה המוסד שותף מרכזי במבצע של צה"ל לחיסולו של חסן נצראללה, מזכ"ל חזבאללה. על פעילות זו זכה המוסד בפרס ביטחון ישראל בשנת 2025. במקביל למערכות מול איראן וחזבאללה, המשיך המוסד להוביל את סיכול איומי הטרור בחו"ל - תחום אחריותו הבלעדי של הארגון. בשנים אלו, וביתר שאת לאחר טבח השבעה באוקטובר, גברו משמעותית ובהיקפים חסרי תקדים ניסיונות הפגיעה ביעדים ישראליים ויהודיים ברחבי העולם.
המוסד, יחד עם שותפיו בקהילות המודיעין והביטחון בארץ ובעולם, הוביל לסיכול עשרות רבות של פיגועים ותשתיות טרור בהכוונת איראן ושלוחיה - חזבאללה, חמאס וגורמי טרור נוספים. לצד העשייה המבצעית, הוביל ברנע תפיסה ארגונית אשר העמידה את נשות ואנשי המוסד במרכז. לאורך כהונתו הושם דגש משמעותי על חיזוק ההון האנושי בארגון, על פיתוח דור המפקדים הבא ועל שמירה על ערכי המוסד כרכיב יסוד בתרבות הארגונית, מתוך תפיסה כי עוצמתו של המוסד נשענת בראש ובראשונה על משרתיו ומפקדיו.
בתקופת כהונתו התחזק גם מקומן של נשים בשדרת הפיקוד של הארגון, ובפרט בתפקידי פיקוד בכירים סביב שולחן פורום ראשי האגפים. נשים כיהנו בתפקידי ליבה, ובהם המערכה מול איראן, מנהלת המודיעין ואגף הסייבר, ונשאו באחריות משמעותית לעיצוב הפעילות המבצעית והמודיעינית של המוסד בתקופה מן המורכבות והמשמעותיות בתולדותיו.
הטיפול בנושא השבויים והנעדרים עמד אף הוא במרכז עשייתו של ברנע. כראש צוות המשא ומתן לשחרור החטופות והחטופים משבי חמאס בעזה לאחר טבח השבעה באוקטובר, הוביל ברנע, יחד עם ראש השב"כ לשעבר רונן בר וראש מנהלת החטופים, האלוף במיל' ניצן אלון, את ההסכם הראשון בנובמבר 2023 לשחרור נשים וילדים, והיה שותף מרכזי בגיבוש ובמימוש ההסכם השני בינואר 2025, שבמסגרתו שוחררו הנשים והחיילות.
הקשרים המקצועיים והאישיים העמוקים שטווה ברנע לאורך כהונתו עם שותפים ובעלי ברית ברחבי העולם נשענו על דיאלוג רציף, אמון עמוק ושיתוף פעולה הדוק, והיו בעלי חשיבות מכרעת לקידום יעדיו של המוסד ולמען ביצור ביטחונה של מדינת ישראל.
בשנים אלו זכה המוסד לראשונה להערכה יוצאת דופן, כאשר עובדיו השיאו שתי משואות ביום העצמאות שנתיים ברציפות - ביטוי להוקרה הלאומית על תרומתו לביטחון המדינה.
במוסד אומרים כי כהונתו של דוד (דדי) ברנע תיזכר כתקופה דרמטית בתולדות המוסד ומדינת ישראל, שבה היו למוסד הישגים אשר מיצבו את הארגון כאחד מארגוני הביון המתקדמים והמשפיעים בעולם. לצד זאת, במערכת הביטחון מתחו השבוע ביקורת על הכישלון במלחמת "שאגת הארי", משום שלא הושגה מטרת המלחמה: החלשת המשטר באיראן ויצירת פלטפורמה להפלת המשטר.
רומן גופמן נכנס לתפקיד, והמשימה הראשונה שלו היא לקבל בתוך הארגון את הלגיטימציה לפקד עליו. גופמן, מפקד בחיל השריון, מגיע ללא רקע במודיעין ובמבצעים מיוחדים. יתר המשימות של גופמן הן קודם כל ניהול המשבר מול איראן, מול מדינות המפרץ הערבי, ומניעת התחזקות ושיקום חזבאללה וחמאס. יעד נוסף שלו הוא פיקוח על הנעשה בסוריה. המוסד נדרש להמשיך ולפעול כדי לסכל פעולות טרור ופעולות נגד יהודים וישראלים על רקע אנטישמי ברחבי העולם.
"יש מותג-על ישראלי - 'המוסד'. לדעת רבים הוא נחשב לארגון הביון והסיכול המוביל בזירה הבינלאומית, ואני יכול להגיד בביטחון מלא, מהיכרות רבת שנים: אין ארגון ביון טוב מהמוסד. אני מצדיע לכם, עם ישראל מצדיע לכם, גם רבים בעולם מצדיעים לכם".
באירוע, בנוכחות בני משפחתו וחבריו, חתם ברנע את כהונתו כראש המוסד ה-13 ונפרד מנשות ואנשי המוסד בעבר ובהווה. ראש המוסד היוצא, דוד (דדי) ברנע, אמר בנאומו: "מיומי הראשון כראש המוסד, חתרתי להשפיע על המציאות הביטחונית באמצעות יתרונותיו המדהימים של הארגון שלנו: התחכום, היכולת לפעול באופן סמוי מן העין והתחבולה - כמוטיב מרכזי. המוסד של היום מסוגל לפעול בעומק, להפתיע ולהוציא אל הפועל מבצעים כירורגיים ומתוחכמים, אך גם נרחבים, משמעותיים ומשני מציאות - אפילו בזמן מלחמה".
ברנע הודה לראש הממשלה בנימין נתניהו ואמר: "תודה על החלטות אמיצות שקיבלת לאורך המלחמה, אשר אפשרו למוסד להביא לידי ביטוי את מלוא יכולותיו ותרמו באופן משמעותי לחיזוק עוצמתה של מדינת ישראל. לעולם אוקיר לך תודה על החלטות היסטוריות. ראיתי והערכתי את ההתלבטויות שלך, ראיתי והערכתי את ההחלטות הנועזות שלך. תודה רבה".
במעמד התייחס ברנע למשימת השבת החטופים ולחשיבותה: "בשנות כהונתי ניצבה מחויבות אחת שהגיעה ישר מן הלב - מחויבות ערכית, מוסרית ויהודית מהמעלה הראשונה: השבת החטופים והחטופות הביתה. כמי שאישר ופיקד על אלפי מבצעים, וחווה לאורך השנים רגעים רבים של הצלחה, סיפוק וגאווה, אני יכול לומר בכנות כי אין תחושת התרגשות המשתווה לתחושה העילאית של שובם של חטופינו הביתה וחללינו לקבר ישראל. את הרגעים הללו אנצור בליבי כל ימי חיי".
מדברי ראש הממשלה בנימין נתניהו: "דדי, במשמרת שלך נעשו דברים גדולים. אירוע הפרידה הזה חותם את המשמרת שלך בראשות המוסד. אלו היו חמש שנים דחוסות ודרמטיות - מהשנים הגורליות ביותר בתולדותינו. הערב באתי לומר לך בשם אזרחי ישראל, בשמי, בשם העם כולו: באתי לומר לך תודה על 30 שנים של שירות מסור במוסד, ותודה מיוחדת על השנים האחרונות, שהניבו הצלחות והישגים בולטים לטובת ביטחון ישראל".
"יש מותג-על ישראלי - 'המוסד'. לדעת רבים הוא נחשב לארגון הביון והסיכול המוביל בזירה הבינלאומית, ואני יכול להגיד בביטחון מלא, מהיכרות רבת שנים: אין ארגון ביון טוב מהמוסד. אני מצדיע לכם, עם ישראל מצדיע לכם, גם רבים בעולם מצדיעים לכם. המוסד הוא מגדלור של עוצמה אנושית, של תחכום טכנולוגי ושל תעוזה מבצעית. אני רוצה להגיד לכם: בשנתיים הללו נקודת מפנה מרכזית במערכה הייתה 'מבצע הביפרים'".
"בשורה התחתונה, היכולות המופלאות של המוסד - בשילוב היכולות האדירות של צה"ל - הביאו אותנו לשיא כוחנו. הפכנו את ישראל למדינה חזקה מאי-פעם: יוזמת, תוקפת, מוכיחה למבקשי נפשנו שכללי המשחק השתנו".
נשיא המדינה אמר באירוע הפרידה מראש המוסד היוצא: "בתקופתך כראש המוסד כתבת פרק של זהב בהיסטוריה של ביטחון ישראל. פרק של העמקת יכולות הביצוע באיראן ומולה, פרק של בניית שותפויות מודיעיניות החוצות גבולות. פרק של טכנולוגיה, תעוזה, עומק מבצעי וראייה אסטרטגית. פרק שבו אויבינו למדו שוב כי ידה של מדינת ישראל ארוכה, חדה, מתוחכמת וקרת רוח".
עוד הוסיף: "זו ההזדמנות לברך אותך, אלוף רומן גופמן, ראש המוסד הנכנס. אתה נוטל את שרביט הפיקוד וברכת העם כולו תלווה אותך. סיפור חייך הכשיר אותך, וכך גם קריירה שלמה הכשירה אותך לרגע הזה. אני בטוח שאת הנחישות, התבונה והתעוזה המוכרות שלך תביא איתך אל התפקיד".
התרעות פיקוד העורף