בחודשים פברואר-יולי 2014 בדק משרד מבקר המדינה היבטים בתכנון העבודה של משרד רה"מ ושל יחידותיו האמורות: שלושת אגפי המטה הכלכלי-חברתי, הרשות לפיתוח כלכלי והמועצה הלאומית לכלכלה.
מבקר המדינה על משרד רה"מ: "תוכניות עבודה לא מפורטות כנדרש"
יוסף שפירא בחן מספר היבטים בנוגע לעבודת המשרד וטוען כי אין יישום מתווה מפורט, למרות החלטת הממשלה על כך
התרעות פיקוד העורף